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lvyanniwin木虫 (正式写手)
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[交流]
[求助]关于insightII中分子动力学模拟条件一说
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文献《Structural Molecular Dynamics Studies on Polyamidoamine Dendrimers for a Therapeutic Application: Effects of pH and Generation》中采取的条件是非截断值，距离介电常数条件，其中有这样一句话：We changed the vacuum dielectric constant (D ) 1) to the distant-dependent dielectric constant (D ) r) and compared the results with the data from simulations with water.可是这个r到底是怎么计算出来的？ [ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 14:17 ] |
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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
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我再发表一点愚见啊，呵呵，楼主莫笑，我刚刚看了一下你提示的菜单，又根据文献中的话看了一下，虽然我也不知道这个r到底是怎么来的，（这个是没法算的啊，怎么算？？？不可能啊，只能是自己设参数）会不会是他编了个参数，这样的话，意思就应该这样理解： Tutorial里边说1.0是默认值，而他这也说是默认的，而且是真空的，那么就意味着这个参数默认就是真空中的模拟而不加介质时为1.0 ， 当想更加真实时就要改变参数了，然后呢，作者就随便设了一个参数，之后与实际的“加水模拟”过程的结果进行比较。目的是考察这个参数设多少合适。。。 我随便想的，不知道对不对啊，哈哈，因为我还没看到文献 |
9楼2008-11-18 21:07:14
gwdavid
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lvyanniwin(金币+2,VIP+0):虽然没明白，但是人是个好人。
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
lvyanniwin(金币+2,VIP+0):虽然没明白，但是人是个好人。
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
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这个distant-dependent dielectric constant 是一个参数选项，是一个checked box类型的选择参数，而并不是一个需要填入的参数，这也意味着这个参数不用你手工干预计算，InsightII他自己知道该取个什么值。具体的这个值是多少，我也不清楚，还真没注意过，呵呵。估计仔细翻一下Tutorial应该有 求楼主把这篇 文献发给我看一下，谢谢了！ gaiwei@hotmail.com [ Last edited by gwdavid on 2008-11-18 at 20:42 ] |
2楼2008-11-18 20:36:39
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3楼2008-11-18 20:40:04
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4楼2008-11-18 20:42:17