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kittykbh

铜虫 (正式写手)

[求助] illumina测序 reads差异性大 已有1人参与

请教各位大神,
读到文献中的一句话如下
A total of 110,409 reads and 10,444 OTUs were obtained from nine samples through 468 MiSeq sequencing analysis. Each library contained 7959 to 22,327 reads, with ifferent phylogenetic OTUs ranging from 724 to 1483.

用illumina测序以后获得的reads,可以从7959到22327。有这么大的差异可能的原因是什么呢?
我所想到的可能是基因组的DNA浓度不同导致差异,还可以有什么原因,或者从技术手段上面有什么可以解释一下的?

感谢!!
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yanlijuan

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by yanlijuan at 2016-08-24 20:56:30
还有PCR过程中和在测序仪里的随机误差

我觉得样品之间的差异性才是造成序列数量差异的原因

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-08-24 20:59:32
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yanlijuan

新虫 (正式写手)

还有PCR过程中和在测序仪里的随机误差

发自小木虫IOS客户端
2楼2016-08-24 20:56:30
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微基生物

捐助贵宾 (小有名气)

技术专员

1是DNA浓度不同,我们公司在建库完成后,会根据扩增的浓度,进行等摩尔混匀,之后再用Miseq进行测序。因为浓度大,得到的序列肯定会多。
2是样本本身的原因。如果排除第1个原因后,那么就会是第2个原因了。
测序仪也会产生一定误差,但这个是随机的,并且是避免不了的,导致的序列差别不应该会那么大。
专注微生物多样性分析QQ2758452825
4楼2016-08-29 14:37:57
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kittykbh

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 微基生物 at 2016-08-29 15:37:57
1是DNA浓度不同,我们公司在建库完成后,会根据扩增的浓度,进行等摩尔混匀,之后再用Miseq进行测序。因为浓度大,得到的序列肯定会多。
2是样本本身的原因。如果排除第1个原因后,那么就会是第2个原因了。
测序仪 ...

谢谢回复,我自己测序出来的结果更夸张会有1万7到4万的差异。当时送测序的时候会怕浓度不够所以都是往大了给的。还有一个问题,就算是最低浓度的测序,coverage也到了99%以上,这样是不是就可以保证测序的准确性呢?
5楼2016-08-30 11:27:58
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