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illumina测序 reads差异性大 已有1人参与
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请教各位大神， 读到文献中的一句话如下 A total of 110,409 reads and 10,444 OTUs were obtained from nine samples through 468 MiSeq sequencing analysis. Each library contained 7959 to 22,327 reads, with ifferent phylogenetic OTUs ranging from 724 to 1483. 用illumina测序以后获得的reads，可以从7959到22327。有这么大的差异可能的原因是什么呢？ 我所想到的可能是基因组的DNA浓度不同导致差异，还可以有什么原因，或者从技术手段上面有什么可以解释一下的？ 感谢！！ |
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yanlijuan
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yanlijuan
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6楼2016-08-30 11:28:29
7楼2016-08-30 11:28:36
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有几个问题需要阐述一下哈！ 1 你的送样浓度，不清楚你是送的抽提的DNA的浓度还是建好库的浓度。不管是哪个浓度，测序公司在上机测序时，都会把你的浓度进行改变，并不是你送的浓度是多少，就给你上机测多少。测序公司都会有一个浓度参数，测序通常是按照他们的浓度参数进行上机的。 2 覆盖度到了99%，只是说明测了基因组99%的序列，还有1%是没有测得。这99%的是不是能大部分反应微生物的物种信息，可以看一下后续分析的稀释性曲线。 3 准确性的话，除了看覆盖度外，还需考虑下Q值，现在多以Q20和Q30为参数。如果覆盖度高，而Q值较小的话，好多数据还是不能用的。 4 还有直接测得的reads数，并不能直接用。根据barcode找到有效序列，之后再对序列进行优化，如去掉含N碱基，嵌合体等等，得到优化序列，后续的分析都是基于优化序列，之后再进行OTU聚类和注释等。 |
8楼2016-09-05 11:19:30
