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寒冰利剑

金虫 (小有名气)

[交流] 启动子PCR

本人最近在克隆一个大小约2600bp的启动子,用的是NEB公司的phusion超保真酶,模板之前经过分段测序,有完整的序列,现在设计克隆全长启动子序列,测序发现中间部分序列存在较大程度与模板不匹配现象,启动子序列GC%平均在30%-40%,用phusion酶中的GC buffer,引物保证没有问题,不知道这是什么原因引起的,不知有没有虫友遇到过这种事情。有没有解决这种问题的方法,(到提供实用建议的,可追加金币,非诚勿扰)

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岂能尽如人意,但求无愧我心。
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werq63

金虫 (著名写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-21 07:40:03
也有可能本身启动子就和你下载的序列不一样

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2楼2016-08-21 00:49:43
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werq63

金虫 (著名写手)


xn8008: 金币+1, 应助指数+1, 欢迎发帖交流 2016-08-21 07:40:11
你可以在中间设计一对引物,扩增一小段试试

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3楼2016-08-21 00:50:09
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-08-21 21:51:30
之前的用的模板和后来用的模板是不是一样的,有没有可能是多态性。另外分段克隆的时候有没有可能产生错配。
4楼2016-08-21 09:34:18
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寒冰利剑

金虫 (小有名气)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-08-21 21:51:45
模板不一样,但是同一种基因型的材料,分段克隆的序列都小于800bp,用的是一样的酶和反应体系,应该不会有错配。

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岂能尽如人意,但求无愧我心。
5楼2016-08-21 18:46:51
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GRA1993

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我想问一下,Phusion Buffer GC和Phusion HF Buffer的差别是什么,查到的文献里面只说用Phusion Buffer。谢谢!
6楼2016-12-30 13:54:53
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寒冰利剑

金虫 (小有名气)

phusion GC enhancer针对模板GC含量较高或较低,复杂度较高的序列,我们实验室扩增GC含量低的模板就用的这个buffer

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岂能尽如人意,但求无愧我心。
7楼2016-12-30 23:56:25
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科学小覃

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主所说的序列不匹配具体是什么情况呢? 测序结果有没有进行过原始数据峰图校对。一般单个测序反应只能测800bp左右,而且这单个反应的两端往往是读不准的,遇到错配情况我们都会再检查一下峰图。2600bp的序列我估计至少要测3个反应吧。错配的这段在单个反应中间还是两端最好检查一下。
生物科学
8楼2016-12-31 09:44:32
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寒冰利剑

金虫 (小有名气)

之前的问题,已经解决了,谢谢各位的关心

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岂能尽如人意,但求无愧我心。
9楼2017-01-01 00:06:41
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1141209419

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
1楼: Originally posted by 寒冰利剑 at 2016-08-21 00:12:20
本人最近在克隆一个大小约2600bp的启动子,用的是NEB公司的phusion超保真酶,模板之前经过分段测序,有完整的序列,现在设计克隆全长启动子序列,测序发现中间部分序列存在较大程度与模板不匹配现象,启动子序列GC% ...

请问您是用什么方法克隆的启动子

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10楼2018-11-29 10:51:36
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