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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 请问如何根据gromacs的结果计算均方位移(MSD) 已有1人参与

各位大侠:
       如题,利用gromacs可以计算出不同时刻原子的坐标,在计算均方位移(MSD)时,要计算出不同时刻某个粒子的位移(比如说ri(t)-ri(0));
但是有的时候好像又不能用计算出来的原始坐标直接相减;比如说某时刻原子x方向的坐标4,下一时刻为6,(假设盒子长度为6),此时计算该原子在x方向位移不能直接用6-4吧?
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jianjunjiang at 2016-08-03 21:21:01
正向您所言,下午试了一下,gromacs里面确实可以输出另外一套坐标,用这套坐标可以正确计算msd,多谢了!!...

敬请各位高手给予指点!!
7楼2016-08-06 21:05:57
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jianjunjiang: 金币+2, ★★★很有帮助 2016-08-03 13:02:17
你的问题我回答过。原理我就不重复了。你应该是还没怎么玩熟gromacs。这种计算对gromacs一定是小菜一碟。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2016-08-03 06:27:13
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-03 06:27:13
你的问题我回答过。原理我就不重复了。你应该是还没怎么玩熟gromacs。这种计算对gromacs一定是小菜一碟。

谢谢您的答复,gromacs里面是有现成指令计算MSD,可现在我想自己编程计算一下。问题是gromacs里面输出来的是是PBC条件下坐标,像标题的那个坐标就是gromacs的结果。但是实际计算又不能用那个坐标。(我猜是不是要在开界条件(OBC)下得到另外一套坐标)
3楼2016-08-03 13:08:33
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-03 06:27:13
你的问题我回答过。原理我就不重复了。你应该是还没怎么玩熟gromacs。这种计算对gromacs一定是小菜一碟。

是不是把周期性边界(PBC)条件去除就可以避免标题的情况
4楼2016-08-03 13:16:12
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