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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

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[求助] 请问如何根据gromacs的结果计算均方位移（MSD）已有1人参与

各位大侠：
如题，利用gromacs可以计算出不同时刻原子的坐标，在计算均方位移（MSD）时，要计算出不同时刻某个粒子的位移（比如说ri（t）-ri(0)）；
但是有的时候好像又不能用计算出来的原始坐标直接相减；比如说某时刻原子x方向的坐标4,下一时刻为6,（假设盒子长度为6），此时计算该原子在x方向位移不能直接用6-4吧？

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1楼 2016-08-02 22:22:05

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jianjunjiang

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引用回帖:

5楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-03 17:43:00
对，就是要用自由边界条件下的坐标计算msd。我写程序时会定义两套坐标，一套专门用来计算msd的。gromacs一定也有，只是你可能不知如何输出。我也不知。还有一种方法，就是输出速度，计算速度自关联函数，也可通过数 ...

正向您所言，下午试了一下，gromacs里面确实可以输出另外一套坐标，用这套坐标可以正确计算msd，多谢了！！