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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请问如何根据gromacs的结果计算均方位移（MSD）
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 请问如何根据gromacs的结果计算均方位移（MSD） 已有1人参与

各位大侠：
       如题，利用gromacs可以计算出不同时刻原子的坐标，在计算均方位移（MSD）时，要计算出不同时刻某个粒子的位移（比如说ri（t）-ri(0)）；
但是有的时候好像又不能用计算出来的原始坐标直接相减；比如说某时刻原子x方向的坐标4,下一时刻为6,（假设盒子长度为6），此时计算该原子在x方向位移不能直接用6-4吧？
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1楼 2016-08-02 22:22:05
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jianjunjiang: 金币+2, ★★★很有帮助 2016-08-03 13:02:17
你的问题我回答过。原理我就不重复了。你应该是还没怎么玩熟gromacs。这种计算对gromacs一定是小菜一碟。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2016-08-03 06:27:13
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-03 06:27:13
你的问题我回答过。原理我就不重复了。你应该是还没怎么玩熟gromacs。这种计算对gromacs一定是小菜一碟。

谢谢您的答复，gromacs里面是有现成指令计算MSD，可现在我想自己编程计算一下。问题是gromacs里面输出来的是是PBC条件下坐标，像标题的那个坐标就是gromacs的结果。但是实际计算又不能用那个坐标。（我猜是不是要在开界条件（OBC）下得到另外一套坐标）
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3楼2016-08-03 13:08:33
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-03 06:27:13
你的问题我回答过。原理我就不重复了。你应该是还没怎么玩熟gromacs。这种计算对gromacs一定是小菜一碟。

是不是把周期性边界（PBC）条件去除就可以避免标题的情况
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4楼2016-08-03 13:16:12
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jianjunjiang: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2016-08-03 21:20:59
引用回帖:
3楼: Originally posted by jianjunjiang at 2016-08-03 13:08:33
谢谢您的答复，gromacs里面是有现成指令计算MSD，可现在我想自己编程计算一下。问题是gromacs里面输出来的是是PBC条件下坐标，像标题的那个坐标就是gromacs的结果。但是实际计算又不能用那个坐标。（我猜是不是要在 ...

对，就是要用自由边界条件下的坐标计算msd。我写程序时会定义两套坐标，一套专门用来计算msd的。gromacs一定也有，只是你可能不知如何输出。我也不知。还有一种方法，就是输出速度，计算速度自关联函数，也可通过数值积分得到等价的扩散系数。甚至可以从速度自关联函数积分两次得到等价的msd。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2016-08-03 17:43:00
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-03 17:43:00
对，就是要用自由边界条件下的坐标计算msd。我写程序时会定义两套坐标，一套专门用来计算msd的。gromacs一定也有，只是你可能不知如何输出。我也不知。还有一种方法，就是输出速度，计算速度自关联函数，也可通过数 ...

正向您所言，下午试了一下，gromacs里面确实可以输出另外一套坐标，用这套坐标可以正确计算msd，多谢了！！
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6楼2016-08-03 21:21:01
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jianjunjiang at 2016-08-03 21:21:01
正向您所言，下午试了一下，gromacs里面确实可以输出另外一套坐标，用这套坐标可以正确计算msd，多谢了！！...

敬请各位高手给予指点！！
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7楼2016-08-06 21:05:57
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