应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请问如何根据gromacs的结果计算均方位移（MSD）
51/1返回列表
查看: 3372  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 请问如何根据gromacs的结果计算均方位移（MSD） 已有1人参与

各位大侠：
       如题，利用gromacs可以计算出不同时刻原子的坐标，在计算均方位移（MSD）时，要计算出不同时刻某个粒子的位移（比如说ri（t）-ri(0)）；
但是有的时候好像又不能用计算出来的原始坐标直接相减；比如说某时刻原子x方向的坐标4,下一时刻为6,（假设盒子长度为6），此时计算该原子在x方向位移不能直接用6-4吧？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-08-02 22:22:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-03 06:27:13
你的问题我回答过。原理我就不重复了。你应该是还没怎么玩熟gromacs。这种计算对gromacs一定是小菜一碟。

谢谢您的答复，gromacs里面是有现成指令计算MSD，可现在我想自己编程计算一下。问题是gromacs里面输出来的是是PBC条件下坐标，像标题的那个坐标就是gromacs的结果。但是实际计算又不能用那个坐标。（我猜是不是要在开界条件（OBC）下得到另外一套坐标）
赞一下 回复此楼
3楼2016-08-03 13:08:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jianjunjiang: 金币+2, ★★★很有帮助 2016-08-03 13:02:17
你的问题我回答过。原理我就不重复了。你应该是还没怎么玩熟gromacs。这种计算对gromacs一定是小菜一碟。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
2楼2016-08-03 06:27:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2016-08-03 06:27:13
你的问题我回答过。原理我就不重复了。你应该是还没怎么玩熟gromacs。这种计算对gromacs一定是小菜一碟。

是不是把周期性边界（PBC）条件去除就可以避免标题的情况
赞一下 回复此楼
4楼2016-08-03 13:16:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jianjunjiang: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2016-08-03 21:20:59
引用回帖:
3楼: Originally posted by jianjunjiang at 2016-08-03 13:08:33
谢谢您的答复，gromacs里面是有现成指令计算MSD，可现在我想自己编程计算一下。问题是gromacs里面输出来的是是PBC条件下坐标，像标题的那个坐标就是gromacs的结果。但是实际计算又不能用那个坐标。（我猜是不是要在 ...

对，就是要用自由边界条件下的坐标计算msd。我写程序时会定义两套坐标，一套专门用来计算msd的。gromacs一定也有，只是你可能不知如何输出。我也不知。还有一种方法，就是输出速度，计算速度自关联函数，也可通过数值积分得到等价的扩散系数。甚至可以从速度自关联函数积分两次得到等价的msd。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2016-08-03 17:43:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭