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cf_success

金虫 (小有名气)

[求助] 高斯计算单点能之前一定要优化吗? 已有1人参与

RT,通过单晶衍射再用shlex等晶体学软件精修好,得到cif晶体学数据文件,再导出xyz坐标文件,导入gaussian view做成gjf文件,然后用gaussian09计算。
这样在计算前也需要先优化再计算吗?优化之后是不是会改变一些键长键角数据?

@jiewei 发自小木虫Android客户端
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cf_success: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2016-06-30 10:13:37
取出的部分它在晶体中还受周围原子的影响,二者在键长、键角上都会有改变。
如果是研究取出部分的性能,要进行优化。如果取出部分与周围有断键,则要“封头”,不使存在自由基。
如果取出部分是双分子,要看它们之间的氢键、范德华作用,如从晶体中取出的叶绿素二聚体,则不必优化,反而能更接近晶体中的氢键、范德华作用。
2楼2016-06-29 16:02:48
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cf_success

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-06-29 16:02:48
取出的部分它在晶体中还受周围原子的影响,二者在键长、键角上都会有改变。
如果是研究取出部分的性能,要进行优化。如果取出部分与周围有断键,则要“封头”,不使存在自由基。
如果取出部分是双分子,要看它们之 ...

多谢zhou神的细心指导!
您说的“封头”是怎么操作的?我这个确实存在断键的问题,是看取出部分的性能。
3楼2016-06-30 10:15:24
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tawfischer

木虫 (小有名气)

若原子的化合价不饱和,补氢

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4楼2016-07-01 16:49:45
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weirongmin

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-06-29 16:02:48
取出的部分它在晶体中还受周围原子的影响,二者在键长、键角上都会有改变。
如果是研究取出部分的性能,要进行优化。如果取出部分与周围有断键,则要“封头”,不使存在自由基。
如果取出部分是双分子,要看它们之 ...

版主您好!
优化会使晶体结构的键长键角发生变化,再去计算单点能时,这个能量还与我们原来化合物晶体的能量相符吗?再有就是计算单点能的时候,是不是也要进行“封头”?
望不吝赐教
5楼2016-07-02 21:11:30
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zhou2009

版主 (著名写手)

优化和算单点能都要进行封头,不封头的话,断键处成了自由基,优化结果会重排,结果难料。
这个能量与原来化合物晶体的能量相符程度是有差别的,截断了键、封了头,键长键角都有微小变化。
6楼2016-07-03 08:36:36
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weirongmin

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-07-03 08:36:36
优化和算单点能都要进行封头,不封头的话,断键处成了自由基,优化结果会重排,结果难料。
这个能量与原来化合物晶体的能量相符程度是有差别的,截断了键、封了头,键长键角都有微小变化。

明白了,多谢版主!

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7楼2016-07-04 00:11:11
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weirongmin

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by tawfischer at 2016-07-01 16:49:45
若原子的化合价不饱和,补氢

您好,补氢之后发现金属与配位原子之间的键长缩短了,如果调节键长,两个原子坐标又会发生变化,如何解决这个问题?

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8楼2016-07-04 00:48:27
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tawfischer

木虫 (小有名气)

不知道具体是什么结构,如果非对称结构是分子型的,就可以视为一个隔离态,可以不用补。优化的结构是可信的,前提是第一性原理的计算结果可信。有微小的差别是正常的比如键长差0.05埃之类的。

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9楼2016-07-04 16:12:50
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