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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 高斯计算单点能之前一定要优化吗？
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cf_success

金虫 (小有名气)

[求助] 高斯计算单点能之前一定要优化吗？ 已有1人参与

RT，通过单晶衍射再用shlex等晶体学软件精修好，得到cif晶体学数据文件，再导出xyz坐标文件，导入gaussian view做成gjf文件，然后用gaussian09计算。
这样在计算前也需要先优化再计算吗？优化之后是不是会改变一些键长键角数据？

@jiewei 发自小木虫Android客户端
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1楼 2016-06-29 08:28:10
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cf_success: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2016-06-30 10:13:37
取出的部分它在晶体中还受周围原子的影响，二者在键长、键角上都会有改变。
如果是研究取出部分的性能，要进行优化。如果取出部分与周围有断键，则要“封头”，不使存在自由基。
如果取出部分是双分子，要看它们之间的氢键、范德华作用，如从晶体中取出的叶绿素二聚体，则不必优化，反而能更接近晶体中的氢键、范德华作用。
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2楼2016-06-29 16:02:48
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cf_success

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-06-29 16:02:48
取出的部分它在晶体中还受周围原子的影响，二者在键长、键角上都会有改变。
如果是研究取出部分的性能，要进行优化。如果取出部分与周围有断键，则要“封头”，不使存在自由基。
如果取出部分是双分子，要看它们之 ...

多谢zhou神的细心指导！
您说的“封头”是怎么操作的？我这个确实存在断键的问题，是看取出部分的性能。
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3楼2016-06-30 10:15:24
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tawfischer

木虫 (小有名气)
若原子的化合价不饱和，补氢

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4楼2016-07-01 16:49:45
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weirongmin

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-06-29 16:02:48
取出的部分它在晶体中还受周围原子的影响，二者在键长、键角上都会有改变。
如果是研究取出部分的性能，要进行优化。如果取出部分与周围有断键，则要“封头”，不使存在自由基。
如果取出部分是双分子，要看它们之 ...

版主您好！
优化会使晶体结构的键长键角发生变化，再去计算单点能时，这个能量还与我们原来化合物晶体的能量相符吗？再有就是计算单点能的时候，是不是也要进行“封头”？
望不吝赐教
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5楼2016-07-02 21:11:30
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zhou2009

版主 (著名写手)
优化和算单点能都要进行封头，不封头的话，断键处成了自由基，优化结果会重排，结果难料。
这个能量与原来化合物晶体的能量相符程度是有差别的，截断了键、封了头，键长键角都有微小变化。
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6楼2016-07-03 08:36:36
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weirongmin

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhou2009 at 2016-07-03 08:36:36
优化和算单点能都要进行封头，不封头的话，断键处成了自由基，优化结果会重排，结果难料。
这个能量与原来化合物晶体的能量相符程度是有差别的，截断了键、封了头，键长键角都有微小变化。

明白了，多谢版主！

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7楼2016-07-04 00:11:11
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weirongmin

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tawfischer at 2016-07-01 16:49:45
若原子的化合价不饱和，补氢

您好，补氢之后发现金属与配位原子之间的键长缩短了，如果调节键长，两个原子坐标又会发生变化，如何解决这个问题？

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8楼2016-07-04 00:48:27
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tawfischer

木虫 (小有名气)
不知道具体是什么结构，如果非对称结构是分子型的，就可以视为一个隔离态，可以不用补。优化的结构是可信的，前提是第一性原理的计算结果可信。有微小的差别是正常的比如键长差0.05埃之类的。

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9楼2016-07-04 16:12:50
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