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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MSD分析扩散系数的取值段
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我是砖头

银虫 (小有名气)

[交流] MSD分析扩散系数的取值段

在MS中分析熔体中某一离子的扩散系数时，得到如下曲线。扩散系数等于曲线斜率的六分之一，但是这个曲线的斜率不是唯一的，请教一下怎么取值

MSD分析扩散系数的取值段
862C.tmp.jpg
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chuntao118

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1楼 2016-06-06 16:34:47
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brucefan

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
19楼: Originally posted by lsloneil at 2016-06-14 15:32:45
谁说MSD一开始是时间的二次函数了? MSD一开始是一个subdiffusive behavior，代表粒子走出第一个溶剂笼的过程，在subdiffusion的过程中MSD和时间的关系根本不是你说的二次函数，而是小于一次函数，就像lz给出的图那 ...

非常感谢lsloneil给出这两篇关于扩散的文献，让我了解了什么是反常扩散。我之前的回答完全是基于正常扩散理论的。但即使考虑反常扩散的可能性，楼主的数据还是有些奇怪。因为，楼主的数据显然也不能用MSD(t)～t^n (n < 1)来描述。所以，一个可能性是楼主计算的只是一个离子（从楼主的描述推断）的MSD(t)，并没有做大量的统计平均，所得数据不具备代表性。
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21楼2016-06-15 01:16:46
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chuntao118

新虫 (著名写手)
★
我是砖头(金币+1): 谢谢参与
送红花一朵
怎么说那？你理解的扩散系数我认为是有点点问题的。尽管看公式的话是这个意思，但是这毕竟是一个统计过程，所以，应该是多次统计后去平均值吧！你在计算是要考虑模拟系统的大小吧？也就说统计的时间不应该足够的大。因为这个均方位移必须是有界的。具体的，你可以参考《The Art of Molecular Dynamics Simulation》的第五章。有详细的讨论。至于扩散系数会达到一个稳定值。若你的数据简单拟合的话。应该5-45之间的就行，建议你好好读读这本书的第五章。
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2楼2016-06-06 17:00:07
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abinitio

版主 (著名写手)
★
我是砖头(金币+1): 谢谢参与
我感觉熔体还没有达到平衡状态，应该再增加弛豫时间。最后取达到平衡状态后的一段的斜率
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4楼2016-06-06 18:14:11
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brucefan

专家顾问 (著名写手)
★
我是砖头(金币+1): 谢谢参与
我还是觉得你的数据反常。一般来说，msd一开始是关联时间的二次函数。随着关联时间的增加，会过渡到一次函数。你的msd的初始行为不大对劲。所以，我怀疑你计算msd的方法有问题。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2016-06-06 18:21:51
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