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yaohuaibing

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 测序序列拼接问题 求助!! 已有4人参与

上下游引物序列都有,用的是ContigExpress.exe软件,请问具体的操作步骤。为什么有的序列对打开是上下游引物序列的正常顺序,有的则是相反的,如果修改,最后要以哪一条链为准,改另一条链的碱基呢???求详细说明 谢谢!!!
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每天都在读书和读人。书易懂,人难解。
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卡维斯

金虫 (正式写手)

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感谢参与,应助指数 +1
2楼2016-05-11 09:35:33
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守望海贝

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
序列拼接可以直接用DNAMAN软件拼接,你在论坛里下个软件和说明书就知道了
3楼2016-05-11 09:47:57
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wangranjun

荣誉版主 (知名作家)

广庭之惘然

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
测序有正向测序和反向测序的分别,以哪一条链为正向对于拼接没有太大的问题。
他日扬翼九万里,历大千世界,定我红尘心!
4楼2016-05-11 14:49:05
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804371539

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你正反测序的吗?要把反向测序的用EditSeq倒过来,再去拼接。拼接之前还要去载体等。
5楼2016-05-11 15:56:06
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丫头的格格巫

新虫 (初入文坛)

你让公司给你拼啊,自己也可以用DNAMAN拼接,但是麻烦。

发自小木虫IOS客户端
6楼2016-05-13 00:20:12
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jackyoung

新虫 (正式写手)

做拼接前最好知道overlap是多少,这样才能靠谱儿,至于正向反向,取决于你测序时的方向。

发自小木虫Android客户端
CestLaVie
7楼2016-05-13 09:01:49
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

首先把你的序列去载体,再去低质量部分,得到高质量的序列
再将其中一条反向互补过来
如果overlap短,就取其中一条的一部分,去另一条alignment
如果overlap长,直接align
8楼2016-05-13 11:27:57
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