应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 多序列对比问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
111/2返回列表12下一页
查看: 1776  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

鲨鱼宝宝

新虫 (小有名气)

[求助] 多序列对比问题 已有3人参与

大家好
我想问在Multiple sequence alignment之前， 要不要把引物结合的那部分去掉。
测序的时候forward and reverse 两个方向都测了，要不要把序列拼接一下。
如果要的话，有哪些软件可以做到呢。
我现在装了clustal X 用来序列对比。
谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-04-04 17:50:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡维斯

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不用去掉，那就是你目的基因的一部分；
一个测序反应通常是800bp左右的长度，如果你的片段长于800就得拼接；
还有比较简单的DNAMAN可以。
赞一下 回复此楼
2楼2016-04-04 18:52:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

半间屋

铜虫 (小有名气)
NCBI也可以

发自小木虫Android客户端
回复此楼
笨鸟先飞
3楼2016-04-04 22:15:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
双向测序的，最好是拼接后再比对。
拼接软件采用ContigExpress比较好。简单易用。
赞一下 回复此楼
4楼2016-04-05 09:50:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ZQC240663979

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
clustal x可以进行多序列对比的；但是一定要注意格式的问题，有些格式clustalx是不能识别的
赞一下 回复此楼
5楼2016-04-05 11:29:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

鲨鱼宝宝

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡维斯 at 2016-04-04 18:52:37
不用去掉，那就是你目的基因的一部分；
一个测序反应通常是800bp左右的长度，如果你的片段长于800就得拼接；
还有比较简单的DNAMAN可以。

我有个疑问
测序引物结合的地方测序质量很差，那段其实不准。也要保留吗?
赞一下 回复此楼
6楼2016-04-06 16:43:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhao3075

新虫 (正式写手)
测序公司一般都负责免费拼接的

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2016-04-06 17:12:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡维斯

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 鲨鱼宝宝 at 2016-04-06 16:43:11
我有个疑问
测序引物结合的地方测序质量很差，那段其实不准。也要保留吗?...

你是连接载体测序还是PCR产物直接测序？后者就出现这个问题，不用去，整体序列对就行，最好是连接载体，
赞一下 回复此楼
8楼2016-04-06 17:40:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

鲨鱼宝宝

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 卡维斯 at 2016-04-06 17:40:40
你是连接载体测序还是PCR产物直接测序？后者就出现这个问题，不用去，整体序列对就行，最好是连接载体，...

PCR产物测序。
回复此楼
9楼2016-04-06 19:42:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凯凯cool

新虫 (小有名气)
怎么发帖

发自小木虫Android客户端
回复此楼
10楼2016-04-06 20:21:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 鲨鱼宝宝 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0856调剂 +8 曲听筠 2026-03-30 8/400 2026-04-04 08:46 by tianyyysss
[考研] 0710生物学336分求调剂 +6 kiyy 2026-04-01 6/300 2026-04-04 07:16 by yzcyy
[考研] 调剂0855-288 +5 x熊二a 2026-04-03 5/250 2026-04-04 00:19 by 猪会飞
[考研] 材料科学与工程考研 +10 拯救皮特托先生 2026-04-02 10/500 2026-04-03 23:57 by userper
[考研] 求调剂 +3 wos666 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:36 by lbsjt
[考研] 求调剂不挑专业 +3 xrh030412 2026-04-01 3/150 2026-04-03 14:40 by 氮气气气
[考研] 工科341分调剂 +3 洛多罗 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:20 by 1753564080
[考研] 0705理学294求调剂 +3 成果成果cg5 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:04 by simons1972
[考研] 342求调剂 +16 Mary Keen 2026-03-28 17/850 2026-04-02 21:14 by 690616278
[考研] 070305高分子化学与物理 304分求调剂 +16 c297914 2026-03-28 16/800 2026-04-02 20:50 by dongzh2009
[考研] 一志愿华南师范大学-22408计算机-292分-求华南师范大学调剂 +4 爱读书的小鳄鱼 2026-04-02 4/200 2026-04-02 18:35 by 求调剂zz
[考研] 362求调剂 +14 西南交材料专硕3 2026-03-31 14/700 2026-04-02 17:50 by yunlongyang
[考研] 26考研调剂 +4 Wnz.20030617 2026-04-01 5/250 2026-04-02 16:11 by 1939136013狗壮
[考研] 一志愿郑大材料工程290求调剂 +20 Youth_ 2026-03-30 20/1000 2026-04-02 14:48 by 5896
[考研] 学硕化学工程与技术，一志愿中国海洋大学320+求调剂 +8 披星河 2026-04-02 8/400 2026-04-02 14:12 by oooqiao
[考研] 070300化学求调剂 +14 小黄鸭宝 2026-03-30 14/700 2026-04-02 10:07 by oooqiao
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-31 7/350 2026-04-01 22:04 by 客尔美德
[考研] 求调剂0703 +5 周嘉尧 2026-03-31 8/400 2026-04-01 20:32 by ltltkkk
[考研] 【调剂】一志愿厦大生物与医药调剂 +3 Echo虾米 2026-03-31 3/150 2026-04-01 08:40 by JourneyLucky
[考研] 318求调剂 +10 陈晨79 2026-03-30 10/500 2026-03-31 17:37 by 544594351
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭