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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 多序列对比问题
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鲨鱼宝宝

新虫 (小有名气)

[求助] 多序列对比问题已有3人参与

大家好
我想问在Multiple sequence alignment之前， 要不要把引物结合的那部分去掉。
测序的时候forward and reverse 两个方向都测了，要不要把序列拼接一下。
如果要的话，有哪些软件可以做到呢。
我现在装了clustal X 用来序列对比。
谢谢
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1楼2016-04-04 17:50:27
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卡维斯

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不用去掉，那就是你目的基因的一部分；
一个测序反应通常是800bp左右的长度，如果你的片段长于800就得拼接；
还有比较简单的DNAMAN可以。
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2楼2016-04-04 18:52:37
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半间屋

铜虫 (小有名气)
NCBI也可以

发自小木虫Android客户端
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笨鸟先飞
3楼2016-04-04 22:15:53
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
双向测序的，最好是拼接后再比对。
拼接软件采用ContigExpress比较好。简单易用。
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4楼2016-04-05 09:50:38
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ZQC240663979

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
clustal x可以进行多序列对比的；但是一定要注意格式的问题，有些格式clustalx是不能识别的
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5楼2016-04-05 11:29:08
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鲨鱼宝宝

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡维斯 at 2016-04-04 18:52:37
不用去掉，那就是你目的基因的一部分；
一个测序反应通常是800bp左右的长度，如果你的片段长于800就得拼接；
还有比较简单的DNAMAN可以。

我有个疑问
测序引物结合的地方测序质量很差，那段其实不准。也要保留吗?
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6楼2016-04-06 16:43:11
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wuhao3075

新虫 (正式写手)
测序公司一般都负责免费拼接的

发自小木虫Android客户端
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7楼2016-04-06 17:12:44
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卡维斯

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 鲨鱼宝宝 at 2016-04-06 16:43:11
我有个疑问
测序引物结合的地方测序质量很差，那段其实不准。也要保留吗?...

你是连接载体测序还是PCR产物直接测序？后者就出现这个问题，不用去，整体序列对就行，最好是连接载体，
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8楼2016-04-06 17:40:40
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鲨鱼宝宝

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 卡维斯 at 2016-04-06 17:40:40
你是连接载体测序还是PCR产物直接测序？后者就出现这个问题，不用去，整体序列对就行，最好是连接载体，...

PCR产物测序。
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9楼2016-04-06 19:42:49
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凯凯cool

新虫 (小有名气)
怎么发帖

发自小木虫Android客户端
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10楼2016-04-06 20:21:14
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