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zwasnc89

新虫 (初入文坛)

[求助] 做转录组的RNA自己的检测结果跟公司的不一样 已有1人参与

我提取了一批植物叶片RNA想去做转录组,自己跑的电泳感觉还不错,结果到了华大测序公司(北京运输到武汉),那边的质检报告一塌糊涂,说样品降解的很严重,RIN值只有4.6,关键是28S:18S是0.3,这个与我的电泳图上的根本不相符啊。我现在都困惑死了,不知道是路上降解了还是有其他的问题。
图中中间的Marker是Takara的RNA5000,右边的是DL2000,请各位大神帮忙分析一下呀!



上面是我的测试结果


下面是公司的检测结果

做转录组的RNA自己的检测结果跟公司的不一样
wo de-1.jpg


做转录组的RNA自己的检测结果跟公司的不一样-1
wo de-2.jpg


做转录组的RNA自己的检测结果跟公司的不一样-2
gong si-1.jpg


做转录组的RNA自己的检测结果跟公司的不一样-3
gong si-2.jpg


做转录组的RNA自己的检测结果跟公司的不一样-4
gong si-3.jpg
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zhangqifa

新虫 (初入文坛)

没办法,距离远了最好是自己用冰盒给包装好一些,让他们给提,全看天意了

发自小木虫Android客户端
7楼2016-04-01 20:32:51
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普通回帖

yvonne9044

新虫 (正式写手)

倒是条带清晰没污染,我记得我们送华大测是那边给提的呀

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2楼2016-03-31 10:20:49
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卡维斯

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
自己做的和公司的检测方法不太一样,出现这种现象比较正常。
另外你的RNA提取上而言质量不是很好,260/230有的偏低,一定程度上表征质量稍差些。
运输过程中受快递的影响亦可能有降解。
建议和公司沟通,反馈问题。
3楼2016-03-31 10:30:41
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zwasnc89

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yvonne9044 at 2016-03-31 10:20:49
倒是条带清晰没污染,我记得我们送华大测是那边给提的呀

是给提,但是需要排队耽误时间。再一个组织运输比RNA运输更容易降解,自己提的又不差就没给他们提。
现在关键的问题是,为什么会检测结果反差这么大?公司就一直在踢皮球,说不是自己的责任,说我的电泳检测很粗糙
4楼2016-03-31 10:35:32
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szywangrui

新虫 (初入文坛)

这个我觉得应该是公司的问题,肯定是运输过程中的降解导致了这么大的差别。再一个Aligent 这种新机器检测也不一定说一定比传统电泳准确!
5楼2016-03-31 10:48:42
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yvonne9044

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zwasnc89 at 2016-03-31 10:35:32
是给提,但是需要排队耽误时间。再一个组织运输比RNA运输更容易降解,自己提的又不差就没给他们提。
现在关键的问题是,为什么会检测结果反差这么大?公司就一直在踢皮球,说不是自己的责任,说我的电泳检测很粗糙...

那你再试试吧,可能是运输的问题,我们测转录组那会测完转录组的样品还要求华大寄回来了,用干冰,顺丰,从南方到东北,样品也能用,不过他们提的浓度很低,还不如自己提的

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6楼2016-03-31 13:51:34
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ConnConn

新虫 (著名写手)

8楼2016-04-01 22:13:46
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Cathering_w

新虫 (正式写手)

换个测序公司试试吧,以前我也用过一段时间华大,经常出问题,试试生工

发自小木虫Android客户端
博士终于毕业了,未来还有什么困难能难得倒我呢!加油我得未来。
9楼2016-04-01 22:28:17
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舒传

金虫 (小有名气)

带好组织让公司给你提取

发自小木虫Android客户端
10楼2016-04-02 13:33:07
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