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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » 做转录组的RNA自己的检测结果跟公司的不一样
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zwasnc89

新虫 (初入文坛)

[求助] 做转录组的RNA自己的检测结果跟公司的不一样 已有1人参与

我提取了一批植物叶片RNA想去做转录组，自己跑的电泳感觉还不错，结果到了华大测序公司（北京运输到武汉），那边的质检报告一塌糊涂，说样品降解的很严重，RIN值只有4.6，关键是28S：18S是0.3，这个与我的电泳图上的根本不相符啊。我现在都困惑死了，不知道是路上降解了还是有其他的问题。
图中中间的Marker是Takara的RNA5000，右边的是DL2000，请各位大神帮忙分析一下呀！



上面是我的测试结果


下面是公司的检测结果

做转录组的RNA自己的检测结果跟公司的不一样
wo de-1.jpg


做转录组的RNA自己的检测结果跟公司的不一样-1
wo de-2.jpg


做转录组的RNA自己的检测结果跟公司的不一样-2
gong si-1.jpg


做转录组的RNA自己的检测结果跟公司的不一样-3
gong si-2.jpg


做转录组的RNA自己的检测结果跟公司的不一样-4
gong si-3.jpg
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1楼 2016-03-31 10:17:04
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zhangqifa

新虫 (初入文坛)
没办法，距离远了最好是自己用冰盒给包装好一些，让他们给提，全看天意了

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7楼2016-04-01 20:32:51
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yvonne9044

新虫 (正式写手)
倒是条带清晰没污染，我记得我们送华大测是那边给提的呀

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2楼2016-03-31 10:20:49
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卡维斯

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
自己做的和公司的检测方法不太一样，出现这种现象比较正常。
另外你的RNA提取上而言质量不是很好，260/230有的偏低，一定程度上表征质量稍差些。
运输过程中受快递的影响亦可能有降解。
建议和公司沟通，反馈问题。
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3楼2016-03-31 10:30:41
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zwasnc89

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yvonne9044 at 2016-03-31 10:20:49
倒是条带清晰没污染，我记得我们送华大测是那边给提的呀

是给提，但是需要排队耽误时间。再一个组织运输比RNA运输更容易降解，自己提的又不差就没给他们提。
现在关键的问题是，为什么会检测结果反差这么大？公司就一直在踢皮球，说不是自己的责任，说我的电泳检测很粗糙
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4楼2016-03-31 10:35:32
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szywangrui

新虫 (初入文坛)
这个我觉得应该是公司的问题，肯定是运输过程中的降解导致了这么大的差别。再一个Aligent 这种新机器检测也不一定说一定比传统电泳准确！
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5楼2016-03-31 10:48:42
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yvonne9044

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zwasnc89 at 2016-03-31 10:35:32
是给提，但是需要排队耽误时间。再一个组织运输比RNA运输更容易降解，自己提的又不差就没给他们提。
现在关键的问题是，为什么会检测结果反差这么大？公司就一直在踢皮球，说不是自己的责任，说我的电泳检测很粗糙...

那你再试试吧，可能是运输的问题，我们测转录组那会测完转录组的样品还要求华大寄回来了，用干冰，顺丰，从南方到东北，样品也能用，不过他们提的浓度很低，还不如自己提的

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6楼2016-03-31 13:51:34
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ConnConn

新虫 (著名写手)
是他们的问题

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8楼2016-04-01 22:13:46
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Cathering_w

新虫 (正式写手)
换个测序公司试试吧，以前我也用过一段时间华大，经常出问题，试试生工

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博士终于毕业了，未来还有什么困难能难得倒我呢！加油我得未来。
9楼2016-04-01 22:28:17
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舒传

金虫 (小有名气)
带好组织让公司给你提取

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10楼2016-04-02 13:33:07
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