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BESTWWZ

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于质粒构建的疑难问题,求指点!!!!已有2人参与

请教质粒构建前辈~目前我想构建某一基因的表达载体,已从cDNA上成功调取该基因,目标基因的大小是2000bp,想要构建到VR1012(4900bp)这个真核表达载体上,使用PCR方法获得酶切位点然后连入双酶切的载体,PCR后核酸胶验证目标条带大小正确,胶回收,同时酶切载体胶回收,将目的基因的正义链与反义链退火(94℃ 10min, 25℃ 30min),连接载体,TOP10感受态转化后,挑单克隆,鉴定(双酶切以及菌液PCR)发现目标基因变短了!测序发现基因变成了△975-1431nt缺失,少了456bp,反复了3次以上都是这样,请问各位大牛有人知道这种情况是如何造成的?有什么方法能避免,我用相同的方法构建了另外4个基因都没有这样的问题……
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新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by siriusxuan at 2016-03-21 00:02:37
将目的基因的正义链与反义链退火(94℃ 10min, 25℃ 30min)
看不懂,这是在干啥,PCR后的产物胶回收再酶切,是要有保护碱基的。
但如果你做出来过,可能是你没描述好,
建议或者可能的原因,这2000bp的基因内部 ...

你好,谢谢您的回答,就退火问题,是这样的,对于目的基因,我并没有采用酶切的方法获得粘性末端,而是采用PCR方法,分别PCR扩增了产物的正义链和反义链,并在两端的引物中设计了模拟酶切好的粘性末端,也就是粘性末端是P出来的,具有粘性末端的正义链和反义链在两头是有区别的,所以最后要退火形成新的双链;载体是正常酶切胶回收的,所以目的片段并没有经过真正的酶切,您觉得除了可能存在酶切位点以外,还有什么可能性吗?
6楼2016-03-21 16:26:13
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siriusxuan

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-03-21 08:43:23
将目的基因的正义链与反义链退火(94℃ 10min, 25℃ 30min)
看不懂,这是在干啥,PCR后的产物胶回收再酶切,是要有保护碱基的。
但如果你做出来过,可能是你没描述好,
建议或者可能的原因,这2000bp的基因内部,有你选择的双酶切位点中的一个。
用软件查一下试试看。
此座可言轻社稷,江山万里起风尘。
2楼2016-03-21 00:02:37
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兰兰园丁

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-03-21 08:43:48
最大的可能就是你酶切位点选的不对,基因内部可能还有一个位点,因此导致变短

发自小木虫Android客户端
3楼2016-03-21 00:10:09
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star013

新虫 (知名作家)


我们公司可以帮你解决这种问题

发自小木虫Android客户端
4楼2016-03-21 06:03:40
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