| 查看: 1759 | 回复: 22 | ||
tkl0621金虫 (小有名气)
|
[求助]
培养的多环芳烃细菌，最近送样去北京检测，pcr扩增无果 已有5人参与
|
|
各位同仁，年前培养的以多环芳烃为唯一碳源的细菌，本月初将甘油保存的菌种送去检测，那边告知我出来的结果不理想，干扰峰较多，不易区别，测样公司说是菌种受污染了或者没有纯化好；后面我又划线到固体平板上，包扎牢牢地给他们寄送过去，这次又让我吃惊地是pcr扩增不成功，工作人员说是细菌的细胞壁太厚造成失败了，我也是外行，不太懂这方面的知识，请大家帮我分析下，应该如何做？ 1.png  2.png  3.png  4.png |
回复此楼» 猜你喜欢
不自信的我
已经有11人回复
-
北核录用
已经有3人回复
-
要不要辞职读博？
已经有6人回复
-
实验室接单子
已经有3人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有8人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有10人回复
-
26申博（荧光探针方向，有机合成）
已经有4人回复
-
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有26人回复
-
2026年机械制造与材料应用国际会议 （ICMMMA 2026）
已经有4人回复
-
Cas 72-43-5需要30g，定制合成，能接单的留言
已经有8人回复
quiller2000
木虫 (著名写手)
- MicEPI: 3
- 应助: 160 (高中生)
- 贵宾: 0.114
- 金币: 2752.9
- 散金: 50
- 红花: 26
- 帖子: 1168
- 在线: 167.3小时
- 虫号: 895537
- 注册: 2009-11-06
- 性别: GG
- 专业: 微生物资源与分类学
tkl0621
12楼2016-03-22 09:17:58
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
1. 从峰图看模板应该是纯的，否则同一位置应该有不同高度的套峰，所以我怀疑技术人员的解释有些问题，至少你这次这个峰图看不出有DNA交叉污染迹象。 2. 技术人员解释说细菌壁太厚没打开，我认为这个解释有一定道理。从峰图看锐利度明显不够，造成这个原因的因素有很多，试剂，反应温度，模板量都有可能。测序公司走样都是模式化的也就是第一个启动cycle的时间可能就是3-5分钟左右，后面的解链时间更短。如果第一次细胞没打开后面可能要到多个循环后细胞才被裂开，最后峰图可能就跑不出来。 3.个人建议你先采用上面网友提到的菌落PCR建议，第一个循环95度用10-15分钟裂细胞从而增加模板浓度。如果能扩出来基本就可以确定是模板量不够导致的。当然菌落PCR也有干扰问题，如果直接PCR还没有结果建议先用95度裂细胞10-15分钟，然后离心取上清DNA做PCR模板减少其它细胞组分干扰。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
13楼2016-03-23 04:30:53
21楼2016-06-14 11:38:42
tkl0621
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1351.7
- 散金: 71
- 红花: 1
- 帖子: 206
- 在线: 69.3小时
- 虫号: 3843269
- 注册: 2015-05-01
- 性别: GG
- 专业: 环境污染化学
2楼2016-03-20 13:02:56
416114799
至尊木虫 (知名作家)
- MicEPI: 2
- 应助: 707 (博后)
- 金币: 14793.2
- 散金: 1799
- 红花: 150
- 帖子: 9930
- 在线: 1606.6小时
- 虫号: 996663
- 注册: 2010-04-14
- 专业: 环境微生物学
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
自己培养。买dna提取试剂盒提dna自己pcr，把结果送去测序。现在的公司都乱来的。试剂盒可以用mp的土壤dna提取试剂盒。普通的dna提取专用试剂盒不好提 发自小木虫IOS客户端 |
3楼2016-03-20 13:13:09
匿名
用户注销 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3571.1
- 散金: 96
- 红花: 10
- 帖子: 541
- 在线: 182.8小时
- 虫号: 0
- 注册: 2013-12-28
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
4楼2016-03-20 16:01:02
匿名
用户注销 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3571.1
- 散金: 96
- 红花: 10
- 帖子: 541
- 在线: 182.8小时
- 虫号: 0
- 注册: 2013-12-28
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
5楼2016-03-20 16:03:18
tkl0621
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1351.7
- 散金: 71
- 红花: 1
- 帖子: 206
- 在线: 69.3小时
- 虫号: 3843269
- 注册: 2015-05-01
- 性别: GG
- 专业: 环境污染化学
|
工作人员告诉我说甘油保存的菌里混有杂菌，测序干扰峰很多，不易区分到底是哪个菌种。这个到底应该如何搞定，这家生物公司是北京鼎国生物，也是我师姐推荐给我的。希望你能帮到我，或者指引我到比较正规的公司做，多谢了。 发自小木虫Android客户端 |
6楼2016-03-20 20:42:42
匿名
用户注销 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3571.1
- 散金: 96
- 红花: 10
- 帖子: 541
- 在线: 182.8小时
- 虫号: 0
- 注册: 2013-12-28
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
7楼2016-03-20 22:14:42
tkl0621
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1351.7
- 散金: 71
- 红花: 1
- 帖子: 206
- 在线: 69.3小时
- 虫号: 3843269
- 注册: 2015-05-01
- 性别: GG
- 专业: 环境污染化学
8楼2016-03-20 22:15:32
star013 
新虫 (知名作家)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 1488.5
- 散金: 831
- 红花: 33
- 帖子: 5395
- 在线: 493.3小时
- 虫号: 1401381
- 注册: 2011-09-14
- 专业: 法学
9楼2016-03-21 06:18:24
匿名
用户注销 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3571.1
- 散金: 96
- 红花: 10
- 帖子: 541
- 在线: 182.8小时
- 虫号: 0
- 注册: 2013-12-28
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
10楼2016-03-21 07:23:43