| 查看: 2955 | 回复: 33 | ||
kingjazz23金虫 (小有名气)
|
[求助]
CRISPR/Cas系列问题 已有1人参与
|
|
|
您们好，今年研一下学期老板打算做CRISPR/Cas，叫我查查问题，我们打算做酵母的CRISPR/Cas，看了几篇文献，有些问题不是很懂，所以想问问你们： （1）在paper中经常会看到一个a premature stop codon，想问问他有什么作用，一般看到都是用研究人员在PAM的位置引入的，不太清楚他们的意图是什么？ （2）经常在paper中看到gRNA cassette和plasmid，我知道plasmid是质粒的意思，而前面那个cassette不太清楚是什么意思，在DiCarlo的一篇文献中，他提到了两种gRNA的表达方法，一个是gRNA PCR cassette还有一个是gRNA plasmid，这两个到底有什么区别？ （3）经常在文章中出现的target sequence是存在于gRNA上的那段识别目标DNA的序列还是指含有PAM序列那段序列？ （4）文章中有时候会出现的tRNA是指tracrRNA吗？ （5）同样是在DiCarlo那篇文献中，其中有一句话是Donor DNA was designed to recombine within the gRNA CAN1.Y genomic target using homology arms to the site， 想问问这句话是什么意思？Donor DNA不是应该与基因组序列配对吗？通过同源臂进行修复，达到替换的效果，这里为什么说是与gRNA结合呢? （6）文献中常常出现的oligonucleotide是指Donor DNA吗? 以上这些就是本人一些不太理解的地方，希望各路大神帮忙解决一下，谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
科研人必读：新一代 KRAS G12C 抑制剂 Olomorasib 的研究进展
已经有0人回复
-
BT-11（Omilancor）研究化合物全解析：从分子结构到实验应用要点
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有189人回复
-
富马酸贝达喹啉：二芳基喹啉类工具化合物的化学特征
已经有0人回复
-
BT投稿with editor状态快两周了，正常吗
已经有25人回复
-
Silevertinib（BDTX-1535）结构拆解：炔基双环片段为何成为合成瓶颈
已经有0人回复
-
RO4929097 解析：双苯并氮杂䓬骨架与 Notch 通路实验设计要点
已经有0人回复
-
分子量 1157 的 PROTAC 怎么配不析出：SGK3-PROTAC1 的溶解、分装与图谱复核
已经有0人回复
-
logP 6.1 的羧酸怎么配母液：GSK 650394 的溶解窗口与稀释顺序
已经有0人回复
-
从"水不溶"到 71 mg/mL：雷特格韦的 pH 依赖溶解与螯合色谱边界
已经有0人回复
-
133 Ų 的极性表面积，如何决定 TNG462 的母液配制与色谱条件
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- CRISPR/Cas
已经有11人回复
Bioexperixgs
新虫 (正式写手)
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 672.9
- 散金: 337
- 红花: 8
- 帖子: 330
- 在线: 39.2小时
- 虫号: 2330746
- 注册: 2013-03-08
- 专业: 病原微生物变异与耐药
26楼2016-03-14 13:51:16
2楼2016-03-11 20:52:54
ken19860823
木虫 (正式写手)
- 应助: 21 (小学生)
- 金币: 3579.2
- 红花: 9
- 帖子: 877
- 在线: 107.4小时
- 虫号: 3150033
- 注册: 2014-04-20
- 性别: GG
- 专业: 免疫生物学
|
1.蛋白质翻译起始于atg,终止于三个终止子。如果前面的序列提前突变成终止子就是premature stop codon了。。2.一个表达单元叫cassette，包含启动子cds 发自小木虫Android客户端 |
3楼2016-03-11 21:06:06
happykings
木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 691.8
- 散金: 2030
- 红花: 5
- 帖子: 671
- 在线: 479.6小时
- 虫号: 2158511
- 注册: 2012-12-01
- 性别: GG
- 专业: 免疫生物学
4楼2016-03-11 21:09:48
ken19860823
木虫 (正式写手)
- 应助: 21 (小学生)
- 金币: 3579.2
- 红花: 9
- 帖子: 877
- 在线: 107.4小时
- 虫号: 3150033
- 注册: 2014-04-20
- 性别: GG
- 专业: 免疫生物学
|
和转录终止。一个pcr片段包含U6和sgrna序列就可以转染到细胞里短暂表达sgrna。也可以克隆到质粒里瞬时转染细胞表达。3.target位点都必须含有pam，sgrna根据target位点来的，但是一定不含pam序列。4.不是。5.grna作用是识别目标，cas9切割识别位点。donor是同源重组模板。6.引物就是一段oligonucleotide.ssODN就是一段oligonucleotide，因为可以作为同源重组模板经常被提到 发自小木虫Android客户端 |
5楼2016-03-11 21:15:57
kingjazz23
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 896.1
- 散金: 20
- 帖子: 261
- 在线: 83.1小时
- 虫号: 2581130
- 注册: 2013-08-04
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
6楼2016-03-11 21:18:19
kingjazz23
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 896.1
- 散金: 20
- 帖子: 261
- 在线: 83.1小时
- 虫号: 2581130
- 注册: 2013-08-04
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
7楼2016-03-11 21:21:15
ken19860823
木虫 (正式写手)
- 应助: 21 (小学生)
- 金币: 3579.2
- 红花: 9
- 帖子: 877
- 在线: 107.4小时
- 虫号: 3150033
- 注册: 2014-04-20
- 性别: GG
- 专业: 免疫生物学
8楼2016-03-11 21:22:59
9楼2016-03-11 21:57:33
kingjazz23
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 896.1
- 散金: 20
- 帖子: 261
- 在线: 83.1小时
- 虫号: 2581130
- 注册: 2013-08-04
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
|
第六个问题还是不是很懂，作为同源重组模板的不是叫Donor DNA吗?我觉得这里的oligonucleotide应该也是指转进去的Donor DNA吧，还有一个问题不是很懂，也是在DiCarlo那篇文献里面的一句话“A double strand 90 mer oligonucleotide donor centred around the PAM sequence contained 2bp changes to mutate the PAM sequence and incorporate a premature TAG stop codon”他这里用的90BP的寡核苷酸供体应该是用来突变那个PAM序列的吧，让他变成一个premature stop codon?这样做是为了敲除？ |
10楼2016-03-11 22:10:09
