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xiami1943
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[交流]
【求助/交流】关于ncbi上比对结果的问题 已有5人参与
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| PCR了一个16s在ncbi上比对，出了一些参数，不明白什么意思，max score,totle score,query coverage,e value,max ident,是什么意义？为什么扩同样菌种（买来的）的16s,在ncbi上比对以后query coverage值也不是100%呢？有哪位有经验的大虾指点我一下吧，不胜感激（还指望能筛到一个新菌毕业呢，16s比来比去成一样的了，/(ㄒoㄒ)/~~） |
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2楼2010-07-14 11:09:39
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+3):感谢交流~· 2010-07-14 12:46:33
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+3):感谢交流~· 2010-07-14 12:46:33
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只需关注query coverage,e value,max ident即可，你还要好好体味下gapped与ungapped、redundancy的含义。 gapped的意思是允许程序在比较序列的时候将序列割裂产生空缺进行比较，这样就可以找到差异较大的相似序列，高度相似的序列被认为在进化上是同源的；相反，ungapped要求在序列比较过程中保持query完整，不允许程序引入空缺即gap。 “冗余－redundancy”：数据库中有很多序列非常相似，有些序列之间只有个别碱基或氨基酸不同，甚至一模一样，这种状态就叫冗余。这导致blast或fasta查询的结果中，常常有很多冗余性的结果。有些nr库是non-redundant的，即非冗余的，是经过人工处理后，将没有明显意义的冗余序列简化了。实际上，生物医学数据库中，并没有严格意义上的nr库，都有一定的冗余度。 可以简单地理解为，e value值越小，比对的条件越严格，在这样严格的前提下，identity的百分比越高，（默认的从进化角度）那么序列之间同源关系越近或者说亲缘关系越密切。 澄清以上概念，你的结果可以很好理解。 既然你做菌种的进化研究，你应该明白，由于数量巨大，细菌的变异是极其常见的。即使单克隆来源的细菌，经过若干代的培养，基因组DNA上也会出现很多突变。 综合序列比对涉及的因素，加上生物学背景知识，你的16SRNA的结果是非常正常的。 |
3楼2010-07-14 11:28:41
xiami1943 
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4楼2010-07-15 10:06:53
xiami1943
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5楼2010-07-15 10:08:19
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