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分类 共搜索到 42 个相关话题(最多显示前5000个) 作者 最后发表
分子模拟 使用MolAICal进行多肽虚拟筛选教程-同样适用于蛋白质和核酸的...
引言MolAICal可以使用开源的LightDock软件（https://lightdock.org）并通过MM/GBSA或MM/PBSA方法进一步提升生物大分子对接的准确性。LightDock是一个开源（GPL-3.0许可）的对接框架，适用于...
 MolAICal 2026-01-23 09:24
文献求助 求助Improving virtual screening results with MM/GBSA and MM/...
HarutyunSahakyanImprovingvirtualscreeningresultswithMM/GBSAandMM/PBSArescoringJournalofComputer-AidedMolecularDesign202135,pages731–736...
 nlong 2023-08-01 02:44
分子模拟 Amber、Gromacs学习心得
8焓变计算8.1实验数据分析及检索8.2MM/PBSA结合自由能计算原理8.3GB模型讲解及分类8.4焓变输入文件的编写焓变结果解读9熵变计算9.1Nmode计算熵变原理9.2熵变输入文件的编写9.3焓变结果解读...
 pang04 2022-02-22 08:10
分子模拟 mmpbsa.pl计算结合能
进入他提供的网站:Oneofthefilesrequiredforthecalculationcouldnotbefound.Thefilesthatarerequiredandtheassociatedaliassescanbefoundinthefile$AMBERHOME/src/mm_pbsa/mm_pbsa_global....
 没尾巴的猴子 2018-04-25 07:47
文献求助 求助SCI文献1篇
TingjunHouinfo'.1.'][info2]AssessingtheperformanceoftheMM/PBSAandMM/GBSAmethods.6.Capabilitytopredictprotein–proteinbindingfreeenergiesandre-rankbinding...
 zx2008njau 2017-09-24 12:26
分子模拟 MM-PBSA
求助各位大神，在GROMACS/MM-PBSA中计算SA时，SASA模型与SAV模型的区别是什么？
 小清新王虫虫 2017-06-22 07:46
文献求助 a piece of paper in Royal Society of Chemistry 2016
[info2]AssessingtheperformanceoftheMM/PBSAandMM/GBSAmethods.6.Capabilitytopredictprotein–proteinbindingfreeenergiesandre-rankbindingposesgeneratedby...
 lerel12345 2016-10-11 02:03
文献求助 SD2016文献一篇
neuraminidase:Insightsfromdocking,moleculardynamicsandMM/PBSAstudiesinfo'.2.'][info3]JournalofMolecularGraphicsandModellinginfo'.3.'][info4]Volume65,April2016,...
 lyfxie8607 2016-05-22 01:13
分子模拟 在Gromacs里MM/PBSA怎么弄啊，还有Normal Mode Analysis
大神能否给个操作步骤，网上看了不少但是还是弄不出来，LZ新手
 870277182 2016-04-19 12:33
文献求助 Qm/Mm-Pbsa Method to Estimate Free Energies for Reactions in...
[info1]MarkusKinfo'.1.'][info2]Qm/Mm-PbsaMethodtoEstimateFreeEnergiesforReactionsinProteins.info'.2.'][info3]JournalofPhysicalChemistryBinfo'.3.'][info4]...
 suiminghang 2016-04-02 08:09
计算模拟 MM-PBSA求助
各位过路大神：菜鸟前来求助MM-PBSA，具体情况：底物和蛋白共价结合，且含有一个关键水分子，利用教程生成了non-standardresidue的参数文件，跑完MD，最后卡死在MM-PBSA计算上了，我的处理...
 kiss小乖 2016-03-23 12:17
文献求助 Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
AngiotensinIIbyMM-PBSAcalculationandsteeredmoleculardynamicssimulationinfo'.2.'][info3]JournalofBiomolecularStructureandDynamicsinfo'.3.'][info4]2015info'.4...
 zhx1871444 2016-03-11 06:09
分子模拟 求助 对受体蛋白做定向进化/虚拟氨基酸突变以提高与配体的亲和力...
我查到文献上用MM/PBSA的方法计算bindingenergy以此判断亲和力的大小，请问这个方法是目前为止最好的方法吗？是否有更好的方法？以上软件哪个可以使用这种方法？谢谢大家！
 tianflame 2016-01-05 01:03
文献求助 Free energy calculations for theophylline binding...MM-PBSA and
theophyllinebindingtoanRNAaptamer:MM-PBSAandcomparisonofthermodynamicintegrationmethodsinfo'.2.'][info3]BIOPOLYMERSinfo'.3.'][info4]2003info'.4.'][info5]卷:68...
 A00696 2015-11-19 10:01
计算模拟 Amber复合物做MM-PBSA教程是蛋白老是出错！
小辈按照Amber官网上面的教程学习MM-PBSA，但是一开始我就进行不下去啦！我用命令：tleap-foldff/leaprc.ff99SBsourceleaprc.gaffcom=loadpdbras-raf.pdbras=loadpdbras.pdbraf=loadpdbraf....
 背包旅客 2015-11-13 08:21
文献求助 结合虚拟筛选、分子动力学以及MM-PBSA方法对昆虫β-N-乙酰己糖胺...
[info2]结合虚拟筛选、分子动力学以及MM-PBSA方法对昆虫β-N-乙酰己糖胺酶的新型潜在抑制剂的研究info'.2.'][info3]西北大学info'.3.'][info4]2013info'.4.'][info5]1-1info'.5.']
 乖乖兔~ 2015-09-22 02:54
文献求助 求文献 有链接 谢谢！
energiesusingMM-PBSAandMM-GBSAinfo'.2.'][info3]JComputChem.2010Mar;31(4):797-810.doi:10.1002/jcc.21372.info'.3.'][info4]JComputChem.2010Mar;31(4):797-810.doi:10....
 lit04 2015-09-11 03:44
文献求助 再求PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS上文献一篇
Houinfo'.1.'][info2]AssessingtheperformanceofMM/PBSAandMM/GBSAmethods.4.AccuraciesofMM/PBSAandMM/GBSAmethodologiesevaluatedbyvarioussimulationprotocolsusing...
 Roseshu 2015-06-18 02:11
文献求助 求PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS上文献一篇
Tingjun)info'.1.'][info2]AssessingtheperformanceofMM/PBSAandMM/GBSAmethods.5.ImproveddockingperformanceusinghighsolutedielectricconstantMM/GBSAandMM/PBSA...
 Roseshu 2015-06-18 02:35
分子模拟 mmgbsa求助，ELE项为0
我在算一个蛋白质和小分子配体的结合能，用amber的mm_pbsa.pl,输入文件如下，为什么算出来的结果△ele项为0？GENERALVERBOSE0PARALLEL0#PREFIXwatPATH./START1STOP100OFFSET1#COMPLEX1...
 lingogo 2015-06-01 02:00
分子模拟 在用amber12做能量分解的时候，遇到F原子或Cl原子，应该做怎样的...
出现下面的代码。有没有做过的朋友啊，求救badatomtype:cl/home/amber12/bin/sander-O-i...'http://ambermd.org/Questions/mm_pbsa.html#mmgbsas_command_not_successful'
 沙漠猎人 2015-05-07 12:56
分子模拟 mmpbsa.pl计算结合自由能时出错
当我做到这一步时：$AMBERHOME/bin/mm_pbsa.plextract_coords.mmpbsaextract_coords.log，出现了下面的出错信息：Useofuninitializedvalueinconcatenation(.)orstringat/usr/local/amber10/...
 fanghongmei 2014-05-31 01:07
文献求助完结子版 MM/PBSA和MM/GBSA对蛋白-配体自由能计算精度的评估研究 匿名 2013-12-03 05:20
生物科学 MM-PBSA/GBSA
鄙人本科生,马上那个大三了,假期跟着老师做课题,前几天老师让我MM-PBSA搞明白的这东西,我也查了好多资料,总感觉没有什么特别有用的,想请教各位虫友,这是个什么东西?
 司新路 2013-08-15 11:44
分子模拟 Amber复合物MM-PBSA菜鸟求助！
4、计算MM/PBSA和MM/GBSA，内容如下：MMPBSA.py-O-immpbsa.in-oFINAL_RESULTS_MMPBSA.dat-spras-raf_solvated.prmtop-cpras-raf.prmtop-rpras.prmtop-lpraf.prmtop-y*.mdcrdGB顺利，PB显示...
 jamesxue 2013-04-18 05:28
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