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小小不点爱

新虫 (正式写手)

[求助] 半定量PCR 已有3人参与

在做半定量PCR,是应该先用内参调cdna浓度吧,我都稀释了100倍了,有的还亮的不得了,我的循环数是30。同学建议可以用28循环试试,那这样会不会影响后期平台期的查找阿。不过,这个应该先找平台期确定循环参数呢还是要先用内参调浓度阿……
各位大神求指点阿

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小小ni和柯尔

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2016-02-25 22:39:12
一般的目的基因我们设定它们的最佳循环数在25到35之间。因此,我认为,您可以先用25循环试一次,若依旧很亮,就调节DNA浓度,直至最佳循环数处于25至35之间。
      置于稀释浓度,有两点建议:1 可在反转DNA前对RNA的浓度进行控制,我们实验室采用1ugRNA对应20倍ul的体系。2 无需在乎稀释倍数,只要最后保证每组DNA的浓度相等即可 建议采用第一种
      对于最佳循环数的测定:配相同PCR转体系6管,循环数分别为25,27,29,31,33,35 其余条件全部相同,在同一块胶上 一起跑胶。照胶时会发现条带有一个逐渐增量至不再增量的过程(即既是循环数增加,但条带亮度是一样的),这个亮度就是平台期,此时我们取亮度刚刚出现的条带,然后为确保每次都有条带出现,正式试验时在这个循环数上加2即可。
2楼2016-02-25 19:57:59
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忧伤的萤火虫

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-02-25 22:39:28
这种情况建议先做标准曲线,内参和目的基因一起做,做出各自的标准曲线。第一,可以确定你真实实验所需要的适合的模版浓度,第二你在做半定量后期的数据处理时需要用到目的基因和内参基因各自的扩增效率,来选择你数据处理的方法。不用去在意你现在所用的稀释倍数,这个说明不了问题。
比方法更重要的是相信一件事的力量
3楼2016-02-25 20:09:24
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小小不点爱

新虫 (正式写手)

谢谢楼上两位,经过参考,已经获得初步结果,谢谢

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4楼2016-02-28 16:32:36
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你是路人甲

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主你的问题已经解决了吗?请问你是用的SYBR Green染料法还是Taqman探针法?用TaqMan探针法做下来的实验数据会更为准确些,我们实验室前段时间用BIOG-PCR染料法做下来,S型曲线的起跳数值不错,只是在溶解曲线的单峰尾部出现了小尾巴,有什么办法可以解决?
5楼2019-01-31 10:40:42
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