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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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【有奖交流】积极回复本帖子,参与交流,就有机会分得作者 gamma337 的 10 个金币

gamma337

银虫 (小有名气)

[交流] 【咨询】分子动力学模拟的周期边界程序

有没有写周期边界条件程序的模友?

怎么加上去边界条件,周期边界条件怎么用程序实现?

[ Last edited by kuhailangyu on 2008-12-9 at 10:49 ]
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yma

木虫 (正式写手)

definition of variables: xl: length of the perodic box
xi, xj: position of i and j atoms

when calculating foreces:
xl2=2/xl
x10=xi-xj
mx10=x10*xl2
x10=x10-mx10*xl

when updating new positions:
xli=1/xl
        xx = xi * xli
        m1 = xx
        m2 = xx - 1 d0
        xi = ( xx - m1 - m2 ) * xl

Hope it helps
2楼2008-10-04 10:00:49
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sheath

至尊木虫 (知名作家)

如果以box表示正方形周期性边长,rx为原子i与j的x方向的距离,
则在程序中可以用一个简单的语句来实现求rx:

rx=rx-box*nint(rx/box)
3楼2008-10-04 10:46:15
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yijun0516

铜虫 (小有名气)

太高深了,俺不懂,还得好好学习才行,MS不是有建周期边界的命令么,为什么还要写程序呢?不懂!
4楼2008-10-04 11:41:30
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yma

木虫 (正式写手)

发金币啊~~
5楼2008-10-11 15:11:50
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