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【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 gamma337 的 10 个金币

gamma337

银虫 (小有名气)

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在线: 32.2小时
虫号: 525414
注册: 2008-03-15
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专业: 光学

[交流] 【咨询】分子动力学模拟的周期边界程序

有没有写周期边界条件程序的模友？

怎么加上去边界条件，周期边界条件怎么用程序实现？

[ Last edited by kuhailangyu on 2008-12-9 at 10:49 ]

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1楼 2008-10-03 20:51:42

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

yma

木虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
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在线: 194.7小时
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注册: 2008-08-30
专业: 无机非金属类光电信息与功

definition of variables: xl: length of the perodic box
xi, xj: position of i and j atoms

when calculating foreces:
xl2=2/xl
x10=xi-xj
mx10=x10*xl2
x10=x10-mx10*xl

when updating new positions:
xli=1/xl
      xx = xi * xli
      m1 = xx
      m2 = xx - 1 d0
      xi = ( xx - m1 - m2 ) * xl

Hope it helps