24小时热门版块排行榜    

查看: 626  |  回复: 4
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子,参与交流,就有机会分得作者 gamma337 的 10 个金币

gamma337

银虫 (小有名气)

[交流] 【咨询】分子动力学模拟的周期边界程序

有没有写周期边界条件程序的模友?

怎么加上去边界条件,周期边界条件怎么用程序实现?

[ Last edited by kuhailangyu on 2008-12-9 at 10:49 ]
回复此楼
美元一起赚: http://usearn.5d6d.com/index.php
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yma

木虫 (正式写手)

definition of variables: xl: length of the perodic box
xi, xj: position of i and j atoms

when calculating foreces:
xl2=2/xl
x10=xi-xj
mx10=x10*xl2
x10=x10-mx10*xl

when updating new positions:
xli=1/xl
        xx = xi * xli
        m1 = xx
        m2 = xx - 1 d0
        xi = ( xx - m1 - m2 ) * xl

Hope it helps
2楼2008-10-04 10:00:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sheath

至尊木虫 (知名作家)

如果以box表示正方形周期性边长,rx为原子i与j的x方向的距离,
则在程序中可以用一个简单的语句来实现求rx:

rx=rx-box*nint(rx/box)
3楼2008-10-04 10:46:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yijun0516

铜虫 (小有名气)

太高深了,俺不懂,还得好好学习才行,MS不是有建周期边界的命令么,为什么还要写程序呢?不懂!
4楼2008-10-04 11:41:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yma

木虫 (正式写手)

发金币啊~~
5楼2008-10-11 15:11:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gamma337 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode +6 documentary 2026-08-10 6/300 2026-08-10 17:09 by wdc28
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 11/550 2026-08-10 17:09 by 六两废铜
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] FileCode能看出啥? +4 要乐观耀哥 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:02 by 天神眷顾
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +14 Lanmanbaby 2026-08-09 22/1100 2026-08-10 14:57 by wwncly
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +4 布布和一二 2026-08-10 4/200 2026-08-10 14:50 by 医学老男孩
[基金申请] 好奇怪的filecode +4 布布和一二 2026-08-08 5/250 2026-08-10 14:20 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[基金申请] 有没有H口的?有收到消息的吗? +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
信息提示
请填处理意见