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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 仿真模拟 » 其他 » 【咨询】分子动力学模拟的周期边界程序
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gamma337

银虫 (小有名气)

[交流] 【咨询】分子动力学模拟的周期边界程序

有没有写周期边界条件程序的模友？

怎么加上去边界条件，周期边界条件怎么用程序实现？

[ Last edited by kuhailangyu on 2008-12-9 at 10:49 ]
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1楼 2008-10-03 20:51:42
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sheath

至尊木虫 (知名作家)
如果以box表示正方形周期性边长，rx为原子i与j的x方向的距离，
则在程序中可以用一个简单的语句来实现求rx：

rx＝rx-box*nint(rx/box)
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3楼2008-10-04 10:46:15
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yma

木虫 (正式写手)
definition of variables: xl: length of the perodic box
xi, xj: position of i and j atoms

when calculating foreces:
xl2=2/xl
x10=xi-xj
mx10=x10*xl2
x10=x10-mx10*xl

when updating new positions:
xli=1/xl
        xx = xi * xli
        m1 = xx
        m2 = xx - 1 d0
        xi = ( xx - m1 - m2 ) * xl

Hope it helps
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2楼2008-10-04 10:00:49
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yijun0516

铜虫 (小有名气)
太高深了，俺不懂，还得好好学习才行，MS不是有建周期边界的命令么，为什么还要写程序呢？不懂！
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4楼2008-10-04 11:41:30
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