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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 怎么用MS建立如下的data数据文件？在线等 求赐教
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刺青TS

新虫 (小有名气)

[求助] 怎么用MS建立如下的data数据文件？在线等 求赐教 已有2人参与

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        2158 atoms
           0 bonds
           0 angles
           0 dihedrals
           0 impropers

           2 atom types
           0 bond types
           0 angle types
           0 dihedral types
           0 improper types

   -100.0000000000000   100.00000000000       xlo xhi
   -100.0000000000000   100.00000000000       ylo yhi
   -100.0000000000000   100.00000000000       zlo zhi
  0.0 0.0 0.0 xy xz yz

Masses

   1  63.550
   2  12.011150

Atoms

1     1  -11.524229263   -8.133075000  -20.784525000
2     1   -9.716879263   -8.133075000  -22.591875000
3     1   -7.909529263   -8.133075000  -20.784525000
4     1   -6.102179263   -8.133075000  -22.591875000
5     1   -4.294829263   -8.133075000  -20.784525000
6     1   -2.487479263   -8.133075000  -22.591875000
7     1   -0.680129263   -8.133075000  -20.784525000
8     1    1.127220737   -8.133075000  -22.591875000
9     1    2.934570737   -8.133075000  -20.784525000
10    1    4.741920737   -8.133075000  -22.591875000
11    1  -11.524229263   -6.325725000  -22.591875000
12    1  -11.524229263   -4.518375000  -20.78452500
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1楼 2016-01-14 14:43:41
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tang_wei

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
MS导出相应模型的car和mdf文件，然后使用msi2lmp文件转换；或者导入到VMD里面，使用命令 topo writelammpsdata data.文件名
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2楼2016-01-14 16:02:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刺青TS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tang_wei at 2016-01-14 16:02:29
MS导出相应模型的car和mdf文件，然后使用msi2lmp文件转换；或者导入到VMD里面，使用命令 topo writelammpsdata data.文件名

可以自己通过ultraedit软件来打开car文件然后写出data文件吗？

发自小木虫IOS客户端
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3楼2016-01-14 16:53:28
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tang_wei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 刺青TS at 2016-01-14 16:53:28
可以自己通过ultraedit软件来打开car文件然后写出data文件吗？
...

不行，car文件只有坐标信息，那些bond等topo结构信息都没有
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

刺青TS
4楼2016-01-14 20:54:34
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刺青TS

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by tang_wei at 2016-01-14 20:54:34
不行，car文件只有坐标信息，那些bond等topo结构信息都没有...

谢谢

发自小木虫Android客户端
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5楼2016-01-15 12:50:20
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[求学达人]

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 刺青TS at 2016-01-15 12:50:20
谢谢
...

请问楼主用ms的教程吗？能给小弟一份吗？万分感激！
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6楼2016-01-15 15:56:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刺青TS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by [求学达人] at 2016-01-15 15:56:03
请问楼主用ms的教程吗？能给小弟一份吗？万分感激！...

我也没有教程也是刚来学习，不好意思

发自小木虫IOS客户端
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7楼2016-01-16 16:27:23
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匿名

本帖仅楼主可见
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8楼2016-01-19 23:26:47
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

刺青TS

新虫 (小有名气)
送红花一朵
万分感谢

发自小木虫Android客户端
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9楼2016-01-20 10:47:31
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