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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 求问用ms建碳酸钙的模型
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flymice

金虫 (著名写手)

[求助] 求问用ms建碳酸钙的模型

小弟在建立CaCO3模型的过程中，通过 findet查找ICSD数据库，拿到CaCO3的结构参数如下。

*data for   ICSD #15194
Coll Code   15194
Rec  Date   1980/01/01
Mod  Date   1997/11/10
Chem Name   Calcium Carbonate
Structured  Ca C O3
Sum         C1 Ca1 O3
ANX         ABX3
Min Name    Aragonite
D(calc)     2.93
Title       Crystal structures of aragonite, strontianite, and witherite
Author(s)   de Villiers, J.P.R.
Reference   American Mineralogist
            (1971), 56, 758-766
Unit Cell   4.9614(3) 7.9671(4) 5.7404(4) 90. 90. 90.
Vol         226.91
Z           4
Space Group P m c n
SG Number   62
Cryst Sys   orthorhombic
Pearson     oP20
Wyckoff     d c3
R Value     .031
Red Cell    P  4.961 5.740 7.967 89.999 89.999 90 226.906
Trans Red   1.000 0.000 0.000 / 0.000 0.000 1.000 / 0.000 -1.000 0.000
Comments    Compound with mineral name: Aragonite
            The structure has been assigned a PDF number (calculated
            powder diffraction data): 01-071-2392
            The structure has been assigned a PDF number (experimental
            powder diffraction data): 41-1475
            Structure type : CaCO3(oP20)
            X-ray diffraction from single crystal
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Ca   1  +2    4 c   0.25        0.4150(1)   0.7597(3)      1.         0   
C    1  +4    4 c   0.25        0.7622(4)   -.0862(10)     1.         0   
O    1  -2    4 c   0.25        0.9225(4)   -.0962(9)      1.         0   
O    2  -2    8 d   0.4736(4)   0.6810(3)   -.0862(5)      1.         0   
Lbl  Type   Beta11      Beta22      Beta33      Beta12      Beta13      Beta23
Ca1  Ca2+  0.0062(1)   0.0021(1)   0.0063(4)   0           0           0.0001(2)   
C1   C4+   0.0065(9)   0.0027(3)   0.0025(25)  0           0           -.0006(3)   
O1   O2-   0.0122(9)   0.0028(3)   0.0086(18)  0           0           -.0011(5)   
O2   O2-   0.0053(5)   0.0042(2)   0.0069(12)  0.0008(3)   -.0001(5)   -.003(4)   
*end for    ICSD #15194
以下为建模步骤：
1. 根据Space Group P m c n
SG Number   62  确立空间结构
2. 根据Unit Cell   4.9614(3) 7.9671(4) 5.7404(4) 90. 90. 90.确立尺寸，建立晶格。
3.根据
Ca   1  +2    4 c   0.25        0.4150(1)   0.7597(3)      1.         0   
C    1  +4    4 c   0.25        0.7622(4)   -.0862(10)     1.         0   
O    1  -2    4 c   0.25        0.9225(4)   -.0962(9)      1.         0   
O    2  -2    8 d   0.4736(4)   0.6810(3)   -.0862(5)      1.         0   
将各原子放到晶格中。
4. 使用build-bonds 工具，连接各原子，结果形成下面的图形。

有几个问题弄不明白，望高手解惑。
（1）在findet中，同一个化学式有好几种晶格，例如CaCO3，就有P21/C1，R3-H，P63MMC等结构，不知道那种才是我们常用的石头的成分，或者我们用的是各晶格都有的？怎么知道那种含量比较多？
2. C    1  +4    4 c   0.25        0.7622(4)   -.0862(10)     1.         0
在这一行中，0.7622显然是在fraction坐标下的坐标，不知道后面的4是什么意思？
谢谢。

实例
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
1楼 2012-02-27 19:55:09
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shmilylxc

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang(金币+1): 多谢交流 2012-02-29 08:23:00
flymice(金币+2): ★★★很有帮助 Thank you . 2012-03-07 09:04:22
我感觉还是比较正确的，实际情况石头的晶格不是唯一的吧，你所得到的图形优化一下可能就都成键了
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2楼2012-02-28 23:39:14
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flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shmilylxc at 2012-02-28 23:39:14:
我感觉还是比较正确的，实际情况石头的晶格不是唯一的吧，你所得到的图形优化一下可能就都成键了

你说的优化，就是按clean的功能？
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
3楼2012-02-29 09:52:16
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shmilylxc

木虫 (正式写手)
几何优化
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4楼2012-02-29 12:28:40
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flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by shmilylxc at 2012-02-29 12:28:40:
几何优化

就是使用castep或者是dmol3等模块进行几何优化？forcite行么？
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
5楼2012-02-29 13:15:17
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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flymice(金币+2): ★有帮助 度城建？我的点击以后monitor bonding以后，如果选择no bonding to s- and p- shell，Ca原子没有键显示，如果选了all element，则Ca连接了十几根键。。。不知道怎么回事哟。 2012-03-07 09:21:48
你这个只是显示的问题，并不代表没有相连，点击‘monitor bond’后就可以看到度城建了
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
6楼2012-02-29 16:10:34
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
fzx2008(金币+1): 谢谢指教 2012-03-09 18:58:29
度城建 呵呵 打错了 都成键，有十几格的话说明你的设置的键的距离太小了，可以改大一点
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
7楼2012-03-07 15:28:26
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flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-03-07 15:28:26:
度城建 呵呵 打错了 都成键，有十几格的话说明你的设置的键的距离太小了，可以改大一点

但我的几个原子是按照findit查出后的数据放进去的，位置应该没有错的呀。。
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
8楼2012-03-09 10:00:29
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liu_gang

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227(金币+1): 感谢交流提示 2012-03-09 16:29:28
flymice: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢帮助。 2012-04-26 17:39:07
许多晶体都有同型异构体，这些异构体的不同主要是相不同，例如压力、温度等的影响了结构的不同。所以你要查查自己要干吗，是要什么条件下的结构，这个搞清楚了，就好办了。
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考拉
9楼2012-03-09 16:14:04
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flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by liu_gang at 2012-03-09 16:14:04:
许多晶体都有同型异构体，这些异构体的不同主要是相不同，例如压力、温度等的影响了结构的不同。所以你要查查自己要干吗，是要什么条件下的结构，这个搞清楚了，就好办了。

好的，我再看一下自己的需求。
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
10楼2012-03-09 16:54:31
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