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汕头大学海洋科学接受调剂
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刺青TS

新虫 (小有名气)

[求助] 怎么用MS建立如下的data数据文件?在线等 求赐教 已有2人参与

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        2158 atoms
           0 bonds
           0 angles
           0 dihedrals
           0 impropers

           2 atom types
           0 bond types
           0 angle types
           0 dihedral types
           0 improper types

   -100.0000000000000   100.00000000000       xlo xhi
   -100.0000000000000   100.00000000000       ylo yhi
   -100.0000000000000   100.00000000000       zlo zhi
  0.0 0.0 0.0 xy xz yz

Masses

   1  63.550
   2  12.011150

Atoms

1     1  -11.524229263   -8.133075000  -20.784525000
2     1   -9.716879263   -8.133075000  -22.591875000
3     1   -7.909529263   -8.133075000  -20.784525000
4     1   -6.102179263   -8.133075000  -22.591875000
5     1   -4.294829263   -8.133075000  -20.784525000
6     1   -2.487479263   -8.133075000  -22.591875000
7     1   -0.680129263   -8.133075000  -20.784525000
8     1    1.127220737   -8.133075000  -22.591875000
9     1    2.934570737   -8.133075000  -20.784525000
10    1    4.741920737   -8.133075000  -22.591875000
11    1  -11.524229263   -6.325725000  -22.591875000
12    1  -11.524229263   -4.518375000  -20.78452500
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刺青TS

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by tang_wei at 2016-01-14 20:54:34
不行,car文件只有坐标信息,那些bond等topo结构信息都没有...

谢谢

发自小木虫Android客户端
5楼2016-01-15 12:50:20
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tang_wei

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
MS导出相应模型的car和mdf文件,然后使用msi2lmp文件转换;或者导入到VMD里面,使用命令 topo writelammpsdata data.文件名
2楼2016-01-14 16:02:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刺青TS

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tang_wei at 2016-01-14 16:02:29
MS导出相应模型的car和mdf文件,然后使用msi2lmp文件转换;或者导入到VMD里面,使用命令 topo writelammpsdata data.文件名

可以自己通过ultraedit软件来打开car文件然后写出data文件吗?

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-01-14 16:53:28
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tang_wei

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 刺青TS at 2016-01-14 16:53:28
可以自己通过ultraedit软件来打开car文件然后写出data文件吗?
...

不行,car文件只有坐标信息,那些bond等topo结构信息都没有

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2016-01-14 20:54:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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