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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 请问我在CASTEP中优化自己所建立的层状模型后，发现原子显示 不完全，该怎么处理呢
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默默的小虫

木虫 (正式写手)

[求助] 请问我在CASTEP中优化自己所建立的层状模型后，发现原子显示 不完全，该怎么处理呢 已有4人参与

大家好：
我在用MS中的CASTEP模块做表面吸附计算，但是结构优化自己所建立的层状模型（slab）后，发现slab model 中的原子显示有缺失，但是实际上那些地方是有原子的，如下图，求大神指教，该怎么处理，才能让所有的原子显示啊

请问我在CASTEP中优化自己所建立的层状模型后，发现原子显示 不完全，该怎么处理呢
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1楼 2016-01-25 16:34:41
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

默默的小虫

木虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by xiaowandouer at 2016-04-27 19:46:56
楼主这个问题最后怎么解决的啊？能否此帖中再介绍下你的经验？

我遇到的问题是，original方式显示正确，其他方式都有原子缺失。

将display中的Min调小些比如-0.01或-0.02，Max 调到1.01或1.02就可以了
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15楼2016-04-28 08:05:44
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普通回帖

小雨熊

木虫 (正式写手)
是不是跑到别的地方去啦 你扩展晶胞看看 还是就是可能软件装的有问题
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2楼2016-01-26 17:29:14
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miss_jerry

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
默默的小虫: 金币+2 2016-01-27 09:51:02
默默的小虫: 金币+2 2016-01-27 09:52:08
默默的小虫: 金币+2 2016-02-19 10:28:44
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2016-02-24 14:55:12
右键display style->lattice style-> in cell
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3楼2016-01-27 07:44:32
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默默的小虫

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by miss_jerry at 2016-01-27 07:44:32
右键display style->lattice style-> in cell

你好，我看过构型，并没有跑出晶格，而且我将slab model 在a方向扩张之后，那里显示有原子

我之前就用CASTEP算过，只不过计算精度较低，现在采用高精度计算后，就出现这种现象了，搞不懂怎么处理啊

还有没有其他的方法啊
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4楼2016-01-27 09:52:57
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LVJ1987

铁虫 (初入文坛)
应该是没问题的，

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5楼2016-02-11 10:58:21
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不取俗名

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
默默的小虫: 金币+4, ★有帮助 2016-02-19 09:01:01
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2016-02-24 14:55:18
就只是因为周期性而已，没什么影响，如果你想要避免这种情况的话，可以在计算之前对整体平移一定距离，使结构其远离边界

发自小木虫Android客户端
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6楼2016-02-11 15:32:23
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chimegreen

木虫 (正式写手)

Dr.
接着三楼说的，in cell以后再调整回来。还可以试试调节一下bond

发自小木虫Android客户端
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快乐科研，快乐生活。
7楼2016-02-11 17:30:41
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cloverliang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2016-02-24 14:55:23
这是正常现象，我也遇过，因为经过几何优化，键长变大，原子跑到下一个周期去了
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8楼2016-02-18 23:54:02
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默默的小虫

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by miss_jerry at 2016-01-27 07:44:32
右键display style->lattice style-> in cell

试过了，没用
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9楼2016-02-19 08:58:22
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默默的小虫

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by chimegreen at 2016-02-11 17:30:41
接着三楼说的，in cell以后再调整回来。还可以试试调节一下bond

这个键长不是优化之后的结果吗，调整它，不是结果就不对了啊！？
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10楼2016-02-19 08:59:43
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