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rogersgene

木虫 (小有名气)

[求助] 求助各位前辈分析一下这张大肠杆菌质粒提取电泳图 已有1人参与

这是我们大三的分子生物学实验。
材料:大肠杆菌,提前震荡12h。
方法:碱裂解法
Marker: 2k,在最右边。
琼脂糖凝胶电泳,电泳电压165v。
备注: 在加入溶液I II III后,略去了加氯仿异戊醇这一步,而是直接离心,转移上清进行后续步骤。
我的问题是,1.上方的红框内是其他同学做的,泳道下部有非常明显的涂抹状的带,是rna吗,如果是,是不是因为没加rna酶所致?2.下方红框的6个泳道是我们做的,请问自上而下,箭头所指的三条带各是什么?我的理解是:自上而下:开环质粒,超螺旋质粒,rna。(网上说碱裂解法线性质粒少)3.我怀疑最上面的箭头所指的带含有基因组dna。4.右上角右一泳道的两条恰好分开的带合是什么?
这是第一次发帖,本科生刚刚接触分子,经验匮乏,
还请多多指教!

求助各位前辈分析一下这张大肠杆菌质粒提取电泳图


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反应链

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1. The smear bands with hypersensitivity as your mentioned have the greater molecular weight than RNA contamination which is less than 100bp in size. I believe that these are impurities, such as proteins and polysaccharides, migrating from the lower wells.  

2. The relaxed circular molecular form, and the full-length linear molecular form of the uncut plasmid usually run very close together and are not always resolved from one another. The upper band is the combination of relaxed circular molecules and full-length linear molecules. You are right on the other bands.

3. The genomic DNA is 23kb or greater in size. In general, it is easy to separate the gDNA molecules and plasmid molecules on an agarose gel.

4. They are the relaxed circular molecules and the full-length linear molecules running as separate bands.

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  • 附件 1 : UCSC_CoreLab_--_Supercoiled_DNA_on_Gels.pdf
  • 2015-12-30 16:58:41, 75.92 K

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-12-30 16:58:43
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rogersgene

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 反应链 at 2015-12-30 16:58:43
1. The smear bands with hypersensitivity as your mentioned have the greater molecular weight than RNA contamination which is less than 100bp in size. I believe that these are impurities, such as prot ...

英文的回复,好厉害!我读懂您的意思了,非常感谢!送上红花一朵!但我想请问,为什么超螺旋质粒的量那么少呢?超螺旋状态不就是我们需要的吗?是本来就这么少,还是我们提取水平的问题?

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3楼2015-12-30 18:21:05
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ayumi7667

新虫 (初入文坛)

????????С????????_plasmid??С ???D?????????l??????????|?w ????????B??o???A?y??С???????????????K????????????????????????z??С???_????l???????????? ?????摪??RNA ??????RNase ???

????С???Android?????
4楼2015-12-30 21:05:00
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