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tonyde

新虫 (初入文坛)

[求助] 构建RNAi植物表达载体,连接多次失败,向各位前辈求助! 已有2人参与

构建RNAi植物表达载体,连接多次失败,我把遇到的情况列了一下,希望有经验前辈们帮忙分析一下原因!
1.目的片段(一个基因的正向片段加内含子加反向片段)之前已经连到中间载体上了,目的片段大小为1200bp,植物表达载体11600bp
2.酶切位点用的是Apa I和BamH I
3.连接体系10uL和20uL都试过,载体和片段比例从1:6到1:10也都试过,T4连接酶是NEB的
4.连了好几次,一开始板上不长菌,后来长菌了,菌液PCR也有带,提质粒大小竟然是4000bp左右(真是神奇),用Apa I和BamH I切后有两条带,一条900bp左右,一条1100-1200bp左右(更神奇了)。再后来还有一种情况,板上长菌,提出质粒后大小12000bp左右(大小是对的),但是提质粒,质粒PCR全都没有带。
5.已发现的问题:
表达载体用Apa I单酶切的时候会切下来一条2000bp左右的带(但是载体图谱里只有一个Apa I酶切位点),这个载体是向其他实验室要的,他们之前做过跟我一样的实验(酶切位点都一样,只有基因不一样),但是他们的论文里没说这个载体有2个Apa I位点啊!

各位大神们,提出质粒4000bp是怎么回事?连的不对是不是我的表达载体有问题啊?
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DNTP

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

把质粒提出来送公司测个序看看吧
2楼2015-12-10 20:10:58
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xiaoma顶你

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

请问楼主,你的问题现在解决了没?我现在也在做植物的RNAi,不知道内含子怎么找,还望赐教!
3楼2016-03-14 16:20:23
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