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张开翅膀的鱼

铁杆木虫 (职业作家)

[求助] 如何优化大的有机分子，400个原子 已有3人参与

我想优化一个大的有机分子，原子数有四百个左右，都是CHONS，没有金属，我只是想得到优化的构型，请问该用哪种方法呢？谢谢赐教！
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1楼 2015-12-23 14:38:51
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张开翅膀的鱼

铁杆木虫 (职业作家)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by WanderingHeart at 2015-12-23 20:44:27
取决于计算资源，如果有较大的集群计算机，直接用各种dft软件都可以。当然不同软件内存消耗也不尽相同，对于比较大的系统有些linear scaling的dft软件效率会高。当然如果说没那么多计算资源，有一种叫dftb的算法也是 ...

谢谢！我有较大的集群计算机，之前我用过PM3 3-21g进行过优化，速度还可以吧，我所要优化分子有点大，算是个树枝分子，我想知道优化出来的结果是不是有一定的意义呢
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3楼2015-12-23 21:12:56
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WanderingHeart

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
取决于计算资源，如果有较大的集群计算机，直接用各种dft软件都可以。当然不同软件内存消耗也不尽相同，对于比较大的系统有些linear scaling的dft软件效率会高。当然如果说没那么多计算资源，有一种叫dftb的算法也是不错的选择，有开源软件DFTB+可以用。
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张开翅膀的鱼
2楼2015-12-23 20:44:27
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jimsmart

捐助贵宾 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by 张开翅膀的鱼 at 2015-12-23 21:12:56
谢谢！我有较大的集群计算机，之前我用过PM3 3-21g进行过优化，速度还可以吧，我所要优化分子有点大，算是个树枝分子，我想知道优化出来的结果是不是有一定的意义呢...

我觉得看您优化的目的吧.
光是优化结构,它的意义有多大呢?
既然有了集群, 而且试算也成功了, 接下来改一下设置再试就可以了啊.
因为您的分子比较大,因此参数稍变就可能通不过计算, 所以就一次改一个参数.
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4楼2015-12-24 09:52:50
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张开翅膀的鱼

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jimsmart at 2015-12-24 09:52:50
我觉得看您优化的目的吧.
光是优化结构,它的意义有多大呢?
既然有了集群, 而且试算也成功了, 接下来改一下设置再试就可以了啊.
因为您的分子比较大,因此参数稍变就可能通不过计算, 所以就一次改一个参数....

我主要就是关注构型，可能意义不大，不过也就拿来说说事，想请问PM3 3-21g可不可以？需要进一步用大的基组计算吗
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5楼2015-12-24 12:04:48
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