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张开翅膀的鱼

铁杆木虫 (职业作家)

[求助] 如何优化大的有机分子,400个原子 已有3人参与

我想优化一个大的有机分子,原子数有四百个左右,都是CHONS,没有金属,我只是想得到优化的构型,请问该用哪种方法呢?谢谢赐教!
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WanderingHeart

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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取决于计算资源,如果有较大的集群计算机,直接用各种dft软件都可以。当然不同软件内存消耗也不尽相同,对于比较大的系统有些linear scaling的dft软件效率会高。当然如果说没那么多计算资源,有一种叫dftb的算法也是不错的选择,有开源软件DFTB+可以用。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-12-23 20:44:27
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张开翅膀的鱼

铁杆木虫 (职业作家)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by WanderingHeart at 2015-12-23 20:44:27
取决于计算资源,如果有较大的集群计算机,直接用各种dft软件都可以。当然不同软件内存消耗也不尽相同,对于比较大的系统有些linear scaling的dft软件效率会高。当然如果说没那么多计算资源,有一种叫dftb的算法也是 ...

谢谢!我有较大的集群计算机,之前我用过PM3 3-21g进行过优化,速度还可以吧,我所要优化分子有点大,算是个树枝分子,我想知道优化出来的结果是不是有一定的意义呢
3楼2015-12-23 21:12:56
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jimsmart

捐助贵宾 (职业作家)

【答案】应助回帖

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引用回帖:
3楼: Originally posted by 张开翅膀的鱼 at 2015-12-23 21:12:56
谢谢!我有较大的集群计算机,之前我用过PM3 3-21g进行过优化,速度还可以吧,我所要优化分子有点大,算是个树枝分子,我想知道优化出来的结果是不是有一定的意义呢...

我觉得看您优化的目的吧.
光是优化结构,它的意义有多大呢?
既然有了集群, 而且试算也成功了, 接下来改一下设置再试就可以了啊.
因为您的分子比较大,因此参数稍变就可能通不过计算, 所以就一次改一个参数.
4楼2015-12-24 09:52:50
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张开翅膀的鱼

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jimsmart at 2015-12-24 09:52:50
我觉得看您优化的目的吧.
光是优化结构,它的意义有多大呢?
既然有了集群, 而且试算也成功了, 接下来改一下设置再试就可以了啊.
因为您的分子比较大,因此参数稍变就可能通不过计算, 所以就一次改一个参数....

我主要就是关注构型,可能意义不大,不过也就拿来说说事,想请问PM3 3-21g可不可以?需要进一步用大的基组计算吗
5楼2015-12-24 12:04:48
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chiweijie

禁虫 (著名写手)

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本帖内容被屏蔽

6楼2015-12-24 12:34:37
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