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xzh410512206

银虫 (小有名气)

[求助] 求助:对称有机大分子体系 如何同时扫描4个势能面??? 已有1人参与

我要同时扫描4个二面角(分别是4-3-2-1,8-7-6-5,12-11-10-9,16-15-14-13) 用g09 scan模块只有扫描一个角度的方法,如果我同时扫描4个角度,并进行优化,也就是柔性扫描,,我该怎么设置呢??我自己尝试的结果是 只有两个角度在变,另外俩几乎无变化。。。。
有没有哪位大侠 做过类似方面的? 急求。。。

求助:对称有机大分子体系  如何同时扫描4个势能面???
对称分子.png
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

是要同时扫4个角度吗?就是说4个二面角一起变化?
高斯扫描都是一个角一个角变的。。。
2楼2015-07-15 10:32:57
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xzh410512206

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-07-15 10:32:57
是要同时扫4个角度吗?就是说4个二面角一起变化?
高斯扫描都是一个角一个角变的。。。

首先谢谢亲回复我。
是的,同时扫描4个角度,结构对称,角度变化应该也同步吧?这样就可以绘制角度和能量曲线。 关键问题是扫描时  是怎么设置?  或者 有什么其他方法吗?
我看到有的文献关于对称型分子,扫描势能面,而且他只用了高斯这一个软件。
3楼2015-07-15 10:51:13
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xzh410512206 at 2015-07-15 10:51:13
首先谢谢亲回复我。
是的,同时扫描4个角度,结构对称,角度变化应该也同步吧?这样就可以绘制角度和能量曲线。 关键问题是扫描时  是怎么设置?  或者 有什么其他方法吗?
我看到有的文献关于对称型分子,扫描势 ...

从来没做过同步变化的扫描。。。把你做的输出文件贴上来看看?
4楼2015-07-15 12:49:02
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xzh410512206

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-07-15 12:49:02
从来没做过同步变化的扫描。。。把你做的输出文件贴上来看看?...

好的    三个图。
9-1和9-2 是我编辑的输入文本,我是自己仿照着扫描一个角度的格式来的。9-3是从输出的log文件查看每一步角度变化,,可以看出只有4-3-2-1这个二面角在按要求变化,,其他3个是怎么回事?   我的输入格式  可以怎么改进呢?
求助:对称有机大分子体系  如何同时扫描4个势能面???-1
9—1.png


求助:对称有机大分子体系  如何同时扫描4个势能面???-2
9-2.png


求助:对称有机大分子体系  如何同时扫描4个势能面???-3
9-3.jpg

5楼2015-07-15 14:32:55
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
xzh410512206: 金币+55, 有帮助, 20 2015-07-21 10:27:17
引用回帖:
5楼: Originally posted by xzh410512206 at 2015-07-15 14:32:55
好的    三个图。
9-1和9-2 是我编辑的输入文本,我是自己仿照着扫描一个角度的格式来的。9-3是从输出的log文件查看每一步角度变化,,可以看出只有4-3-2-1这个二面角在按要求变化,,其他3个是怎么回事?   我的 ...

说明只扫了4321这个二面角,其他几个二面角的变化应该是根据不同的4321优化结构造成的。
如果只扫9个点的话,可以直接写9个计算单点能的文件即可,手动修改其中的4个二面角。
6楼2015-07-15 15:09:18
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xzh410512206

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-07-15 15:09:18
说明只扫了4321这个二面角,其他几个二面角的变化应该是根据不同的4321优化结构造成的。
如果只扫9个点的话,可以直接写9个计算单点能的文件即可,手动修改其中的4个二面角。...

就是说没有可以同步扫描的方法,,只能固定4个二面角然后优化,得到对应的能量?
7楼2015-07-15 15:27:45
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kekexili_08

木虫 (正式写手)

这个应该不难做到。 可是, 你的目的是啥? 想看出某种趋势, 扫一个就行了么。
8楼2015-07-15 16:31:50
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xzh410512206

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by kekexili_08 at 2015-07-15 16:31:50
这个应该不难做到。 可是, 你的目的是啥? 想看出某种趋势, 扫一个就行了么。

我想找优势构象   就是能量极小值点
这是我今天在MS里用Forcite模块   固定4个角度  优化得到的曲线图,中间一段平线怎么解释呢?我明明是固定了角度,为什么算完后角度都变为接近90的一个值了呢?
求助:对称有机大分子体系  如何同时扫描4个势能面???-4
9-4.png

9楼2015-07-15 16:51:31
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kekexili_08

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by xzh410512206 at 2015-07-15 16:51:31
我想找优势构象   就是能量极小值点
这是我今天在MS里用Forcite模块   固定4个角度  优化得到的曲线图,中间一段平线怎么解释呢?我明明是固定了角度,为什么算完后角度都变为接近90的一个值了呢?

9-4.png
...

分子坐标给我, 我给你试一下
这个结构, 找可能的稳定构象,不用扫描也能找全吧。 毕竟刚性比较强。
10楼2015-07-15 21:09:06
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