24小时热门版块排行榜    

查看: 2095  |  回复: 19

xzh410512206

银虫 (小有名气)

[求助] 求助:对称有机大分子体系 如何同时扫描4个势能面??? 已有1人参与

我要同时扫描4个二面角(分别是4-3-2-1,8-7-6-5,12-11-10-9,16-15-14-13) 用g09 scan模块只有扫描一个角度的方法,如果我同时扫描4个角度,并进行优化,也就是柔性扫描,,我该怎么设置呢??我自己尝试的结果是 只有两个角度在变,另外俩几乎无变化。。。。
有没有哪位大侠 做过类似方面的? 急求。。。

求助:对称有机大分子体系  如何同时扫描4个势能面???
对称分子.png
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)

是要同时扫4个角度吗?就是说4个二面角一起变化?
高斯扫描都是一个角一个角变的。。。
2楼2015-07-15 10:32:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xzh410512206

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-07-15 10:32:57
是要同时扫4个角度吗?就是说4个二面角一起变化?
高斯扫描都是一个角一个角变的。。。

首先谢谢亲回复我。
是的,同时扫描4个角度,结构对称,角度变化应该也同步吧?这样就可以绘制角度和能量曲线。 关键问题是扫描时  是怎么设置?  或者 有什么其他方法吗?
我看到有的文献关于对称型分子,扫描势能面,而且他只用了高斯这一个软件。
3楼2015-07-15 10:51:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xzh410512206 at 2015-07-15 10:51:13
首先谢谢亲回复我。
是的,同时扫描4个角度,结构对称,角度变化应该也同步吧?这样就可以绘制角度和能量曲线。 关键问题是扫描时  是怎么设置?  或者 有什么其他方法吗?
我看到有的文献关于对称型分子,扫描势 ...

从来没做过同步变化的扫描。。。把你做的输出文件贴上来看看?
4楼2015-07-15 12:49:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xzh410512206

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-07-15 12:49:02
从来没做过同步变化的扫描。。。把你做的输出文件贴上来看看?...

好的    三个图。
9-1和9-2 是我编辑的输入文本,我是自己仿照着扫描一个角度的格式来的。9-3是从输出的log文件查看每一步角度变化,,可以看出只有4-3-2-1这个二面角在按要求变化,,其他3个是怎么回事?   我的输入格式  可以怎么改进呢?
求助:对称有机大分子体系  如何同时扫描4个势能面???-1
9—1.png


求助:对称有机大分子体系  如何同时扫描4个势能面???-2
9-2.png


求助:对称有机大分子体系  如何同时扫描4个势能面???-3
9-3.jpg

5楼2015-07-15 14:32:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
xzh410512206: 金币+55, 有帮助, 20 2015-07-21 10:27:17
引用回帖:
5楼: Originally posted by xzh410512206 at 2015-07-15 14:32:55
好的    三个图。
9-1和9-2 是我编辑的输入文本,我是自己仿照着扫描一个角度的格式来的。9-3是从输出的log文件查看每一步角度变化,,可以看出只有4-3-2-1这个二面角在按要求变化,,其他3个是怎么回事?   我的 ...

说明只扫了4321这个二面角,其他几个二面角的变化应该是根据不同的4321优化结构造成的。
如果只扫9个点的话,可以直接写9个计算单点能的文件即可,手动修改其中的4个二面角。
6楼2015-07-15 15:09:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xzh410512206

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-07-15 15:09:18
说明只扫了4321这个二面角,其他几个二面角的变化应该是根据不同的4321优化结构造成的。
如果只扫9个点的话,可以直接写9个计算单点能的文件即可,手动修改其中的4个二面角。...

就是说没有可以同步扫描的方法,,只能固定4个二面角然后优化,得到对应的能量?
7楼2015-07-15 15:27:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kekexili_08

木虫 (正式写手)

这个应该不难做到。 可是, 你的目的是啥? 想看出某种趋势, 扫一个就行了么。
8楼2015-07-15 16:31:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xzh410512206

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by kekexili_08 at 2015-07-15 16:31:50
这个应该不难做到。 可是, 你的目的是啥? 想看出某种趋势, 扫一个就行了么。

我想找优势构象   就是能量极小值点
这是我今天在MS里用Forcite模块   固定4个角度  优化得到的曲线图,中间一段平线怎么解释呢?我明明是固定了角度,为什么算完后角度都变为接近90的一个值了呢?
求助:对称有机大分子体系  如何同时扫描4个势能面???-4
9-4.png

9楼2015-07-15 16:51:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kekexili_08

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by xzh410512206 at 2015-07-15 16:51:31
我想找优势构象   就是能量极小值点
这是我今天在MS里用Forcite模块   固定4个角度  优化得到的曲线图,中间一段平线怎么解释呢?我明明是固定了角度,为什么算完后角度都变为接近90的一个值了呢?

9-4.png
...

分子坐标给我, 我给你试一下
这个结构, 找可能的稳定构象,不用扫描也能找全吧。 毕竟刚性比较强。
10楼2015-07-15 21:09:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xzh410512206 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +6 雨打竹帘 2026-08-30 10/500 2026-08-31 09:29 by huixian257
[基金申请] 基金不中,共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 能否申诉? +6 echo8914667 2026-08-30 7/350 2026-08-31 08:41 by kingkocxr
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
请填处理意见