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alice keer

新虫 (初入文坛)

[求助] 真菌菌丝提取及电泳图求解释! 已有1人参与

用CTAB提取法提取真菌DNA,但是抽提DNA过程中只用了氯仿/异戊醇(24:1),没有使用Tris饱和酚抽提。在1%琼脂糖凝胶电泳中检测有无条带,如下图所示,请教各位大神:这是什么原因?
急需,感激不尽。。。。。。

真菌菌丝提取及电泳图求解释!
20151216DNA(SHEN).jpg
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zyk1369

新虫 (初入文坛)

你提的什么孢子粉,我提的小麦白粉病孢子粉也是,只有RNA,没有DNA,急死了
2楼2015-12-17 15:51:36
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angelyou

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
alice keer: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢你啦,marker我用的是5000的,太小了 2015-12-19 10:31:05
建议你把你做的全部步骤写上来,理论上我们CTAB提都是百发百中,没有提不出来的~~~而且没有酚应该也不至于啥都没有,另外跑基因组DNA你要用HINDiii的maker或者其他大于10k的maker,我猜,你第二泳道上面那个弱弱的有可能是,但是5000的maker看不出来那个带多大
3楼2015-12-17 21:24:18
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alice keer

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zyk1369 at 2015-12-17 15:51:36
你提的什么孢子粉,我提的小麦白粉病孢子粉也是,只有RNA,没有DNA,急死了

镰刀菌
4楼2015-12-19 10:31:19
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alice keer

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by angelyou at 2015-12-17 21:24:18
建议你把你做的全部步骤写上来,理论上我们CTAB提都是百发百中,没有提不出来的~~~而且没有酚应该也不至于啥都没有,另外跑基因组DNA你要用HINDiii的maker或者其他大于10k的maker,我猜,你第二泳道上面那个弱弱的有 ...

1、用灭菌刀片(一般用酒精蘸取后在酒精灯上灼烧),刮取菌丝置于研钵中,加入适量石英砂和液氮迅速研磨2-3次确保磨成细粉(注意带厚手套防冻及确保研磨过程中一直有液氮保护,最后一次研磨完倒入液氮保护,等待转移到离心管中)
2、将研钵中的细粉迅速转移到1.5ML的离心管中,加入65℃预热的800ul 2%CTAB提取缓冲液和80ul10%SDS(也可以不用SDS),快速混匀,65℃水浴30-60Min,5-10min轻柔振荡一次。
3、12000rpm常温离心5min(一般也用10min),缓慢吸取上清液于一个新的离心管中(注意:有些离心完上层有Pr固体,吸取时注意不要吸到Pr等固体层),加入等体积的苯酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)混合液抽提2次(有些也用氯仿和异戊醇或只用氯仿),10000-12000rpm离心10min
4、缓慢吸取上清液于一个新的离心管中,缓慢加入2.5体积的异丙醇(去除多糖)无水乙醇,再加入0.1体积的3mol/L的NaAC(注意顺序)-20℃沉淀过夜
5、10000-12000rpm离心10min,丢弃上清液(倒置使管壁液体流干净)
6、加入70%乙醇漂洗2次
7、斜拿离心管,用移液枪从沉淀的对面紧贴管壁处轻轻吸出乙醇,在室温中敞盖干燥
8、所得沉淀溶于50ulTE缓冲液(或者ddH2O,双蒸水是其中的一种)中,最后置于-20℃保存
5楼2015-12-19 10:33:01
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反应链

新虫 (正式写手)

The 4th step would be the problem. The order is different from my CTAB protocol, which is "Add 0.5 volume 5M NaCl and mix properly. Then add 2/3 volume ice-cold isopropanol and leave at least 20minutes (up to overnight) at -20 degrees Celsiu."

It must be pointed out that once DNA and polysaccharides co-precipitate together, it becomes much more difficult to separate them than prior to precipitation. By adding 0.5 volum 5M NaCl to the CI-extracted aqueous solution just prior to precipitation by isopropanol, it is effectivly separate the DNA from polysaccarides. In my opinion, this step is the key to CTAB protocol.

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  • 附件 1 : 3%_CTAB_DNA_Extraction_Protocol.pdf
  • 2016-01-08 16:09:12, 50.16 K

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2016-01-08 16:09:13
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alice keer

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 反应链 at 2016-01-08 16:09:13
The 4th step would be the problem. The order is different from my CTAB protocol, which is "Add 0.5 volume 5M NaCl and mix properly. Then add 2/3 volume ice-cold isopropanol and leave at least 20 ...

谢谢!

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7楼2017-04-01 10:10:23
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想你的夏季1

新虫 (小有名气)

楼主你最后提出来了么  能说一下么  我也提不出来  啥也没有  全是RNA

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8楼2017-07-30 21:00:27
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