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放线菌被细菌污染该怎么处理。 已有3人参与
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| 从土壤中分离的放线菌，想要进行16s 序列测定，经过扩增测序，BLAST比对发现是沙雷氏菌。于是怀疑是细菌污染，着手验证，然后，挑取斜面种进行划线于高氏培养基上培养3天后，发现并无细菌污染，重新施用SDS法提取DNA，经过测序发现比对仍然是沙雷氏菌，提取DNA的实验药品(能灭菌的），PCR管，以及EP管，水，MIX都是灭菌确认无误的。扩增引物 选用的是 8-27F，1523R。求大神们棒棒忙 我该怎么做。 |
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4楼2015-12-07 01:02:00
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
lance-tan: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-12-07 10:22:45
感谢参与，应助指数 +1
lance-tan: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-12-07 10:22:45
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首先你是原位不能培养打算测菌群结构呢？还是其他情况。 对于原味测序的话，出现这种状况，我建议你从两方面考虑看看；第一，看看能否换一种适合放线菌的通用引物，杜绝使用能够扩增细菌的引物；另外一方面就是DNA提取的方法，看看破壁的时候调整一下，尽量的多破放线菌，少破细菌，扩大放线菌的DNA比例。为了保险起见，我建议你引物扩增的产物不要太大，不要大于1000bp；最好250-350之间，扩增成功率大。 如果是可培养的，当然是平板分离咯。 另外，你还可以尝试导入大肠杆菌构建重组质粒，进行测序。 |
5楼2015-12-07 01:09:52
6楼2015-12-07 10:27:43
yguang
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7楼2015-12-07 11:16:50
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放线菌是属于一类具有分支状菌丝体的细菌，革兰染色为阳性。主要依据为：①同属原核微生物：细胞核无核膜、核仁和真正的染色体；细胞质中缺乏线粒体、内质网等细胞器；核糖体为70S；②细胞结构和化学组成相似：细胞具细胞壁，主要成分为肽聚糖，并含有DPA；放线菌菌丝直径与细菌直径基本相同；③最适生长PH范围与细菌基本相同，一般呈微碱性；④都对溶菌酶和抗生素敏感，对抗真菌药物不敏感；⑤繁殖方式为无性繁殖，遗传特性与细菌相似。 這個说明重溶菌酶法试试。将样品涂布培养一下看看，放线菌菌落和细菌相差很大的。看看能否分离得到想要得菌。 发自小木虫Android客户端 |
8楼2015-12-07 14:35:12
9楼2015-12-07 15:06:44
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