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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 放线菌被细菌污染该怎么处理。
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lance-tan

金虫 (小有名气)

[求助] 放线菌被细菌污染该怎么处理。 已有3人参与

从土壤中分离的放线菌，想要进行16s 序列测定，经过扩增测序，BLAST比对发现是沙雷氏菌。于是怀疑是细菌污染，着手验证，然后，挑取斜面种进行划线于高氏培养基上培养3天后，发现并无细菌污染，重新施用SDS法提取DNA，经过测序发现比对仍然是沙雷氏菌，提取DNA的实验药品(能灭菌的），PCR管，以及EP管，水，MIX都是灭菌确认无误的。扩增引物 选用的是 8-27F，1523R。求大神们棒棒忙 我该怎么做。
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新手入门求各位大神指导
1楼 2015-12-05 22:40:35
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lance-tan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 后方大漏勺 at 2015-12-06 03:03:35
粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens ) 又称灵杆菌，一种产生鲜红色素的细菌，存在于空气和水中，可生长在动、植物性食品中。为细菌中最小者，约0.5×(0.5～1.0)微米。近球形短杆菌，但形态多样。 粘质沙雷氏菌广泛分 ...

这个百度我都查过的，能帮我看看我的问题吗？谢谢
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新手入门求各位大神指导
3楼2015-12-06 14:40:43
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后方大漏勺

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens ) 又称灵杆菌，一种产生鲜红色素的细菌，存在于空气和水中，可生长在动、植物性食品中。为细菌中最小者，约0.5×(0.5～1.0)微米。近球形短杆菌，但形态多样。 粘质沙雷氏菌广泛分布于自然界，是水和土壤中的常居菌群

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2015-12-06 03:03:35
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后方大漏勺

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我觉得这个菌太小了，混在你的菌落里

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2015-12-07 01:02:00
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371522029

金虫 (正式写手)

小鱼儿

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lance-tan: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-12-07 10:22:45
首先你是原位不能培养打算测菌群结构呢？还是其他情况。
对于原味测序的话，出现这种状况，我建议你从两方面考虑看看；第一，看看能否换一种适合放线菌的通用引物，杜绝使用能够扩增细菌的引物；另外一方面就是DNA提取的方法，看看破壁的时候调整一下，尽量的多破放线菌，少破细菌，扩大放线菌的DNA比例。为了保险起见，我建议你引物扩增的产物不要太大，不要大于1000bp；最好250-350之间，扩增成功率大。
如果是可培养的，当然是平板分离咯。
另外，你还可以尝试导入大肠杆菌构建重组质粒，进行测序。
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5楼2015-12-07 01:09:52
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