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放线菌被细菌污染该怎么处理。 已有3人参与
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| 从土壤中分离的放线菌，想要进行16s 序列测定，经过扩增测序，BLAST比对发现是沙雷氏菌。于是怀疑是细菌污染，着手验证，然后，挑取斜面种进行划线于高氏培养基上培养3天后，发现并无细菌污染，重新施用SDS法提取DNA，经过测序发现比对仍然是沙雷氏菌，提取DNA的实验药品(能灭菌的），PCR管，以及EP管，水，MIX都是灭菌确认无误的。扩增引物 选用的是 8-27F，1523R。求大神们棒棒忙 我该怎么做。 |
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2楼2015-12-06 03:03:35
4楼2015-12-07 01:02:00
371522029
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小鱼儿
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
lance-tan: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-12-07 10:22:45
感谢参与，应助指数 +1
lance-tan: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-12-07 10:22:45
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首先你是原位不能培养打算测菌群结构呢？还是其他情况。 对于原味测序的话，出现这种状况，我建议你从两方面考虑看看；第一，看看能否换一种适合放线菌的通用引物，杜绝使用能够扩增细菌的引物；另外一方面就是DNA提取的方法，看看破壁的时候调整一下，尽量的多破放线菌，少破细菌，扩大放线菌的DNA比例。为了保险起见，我建议你引物扩增的产物不要太大，不要大于1000bp；最好250-350之间，扩增成功率大。 如果是可培养的，当然是平板分离咯。 另外，你还可以尝试导入大肠杆菌构建重组质粒，进行测序。 |
5楼2015-12-07 01:09:52
