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fengjunchen

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[求助] 想知道一个蛋白和其受体蛋白的结合自由能，应该去学哪个软件呢？已有2人参与

如题……

分析模拟这方面我实在比较小白，不知道该去学哪个软件来解决我面临的问题。

问题是这样的，我想知道一个蛋白和其受体蛋白的结合自由能，以及温度对其结合能力的影响。这俩蛋白的序列和晶体结构都是已知的。

求前辈们指点方向。谢谢！

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1楼 2015-12-02 14:06:09

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fengjunchen

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引用回帖:

2楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-12-02 23:05:25
你有他们对接的结构没，要先用ds进行对接获得对接结构，然后用amber或gromacs跑

我要做两组，A+B还有B+C的样子，其中AB一起结晶的结构是有的，但是BC只是都各自单独的结构。
不过AB间的自由能我十分需要，而且要讨论温度对其解离的概率的影响。而BC之间的自由能，能做最好，不能做我也不强求。
我是搞实验的，以前几乎用不到这些计算机方面的知识，学起来连教程看着都费劲 >_< 作为一个MS方面的小白，我自然是希望步骤越少越好，需要新学的东西越少越好。