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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 想知道一个蛋白和其受体蛋白的结合自由能，应该去学哪个软件呢？
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fengjunchen

铜虫 (小有名气)

[求助] 想知道一个蛋白和其受体蛋白的结合自由能，应该去学哪个软件呢？ 已有2人参与

如题……

分析模拟这方面我实在比较小白，不知道该去学哪个软件来解决我面临的问题。

问题是这样的，我想知道一个蛋白和其受体蛋白的结合自由能，以及温度对其结合能力的影响。这俩蛋白的序列和晶体结构都是已知的。

求前辈们指点方向。谢谢！
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1楼 2015-12-02 14:06:09
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hdx1991

新虫 (著名写手)
你有他们对接的结构没，要先用ds进行对接获得对接结构，然后用amber或gromacs跑

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2楼2015-12-02 23:05:25
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th_ink28

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以参考gromacs的教程中umbrella sampling 的例子

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3楼2015-12-03 00:17:51
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fengjunchen

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-12-02 23:05:25
你有他们对接的结构没，要先用ds进行对接获得对接结构，然后用amber或gromacs跑

我要做两组，A+B还有B+C的样子，其中AB一起结晶的结构是有的，但是BC只是都各自单独的结构。
不过AB间的自由能我十分需要，而且要讨论温度对其解离的概率的影响。而BC之间的自由能，能做最好，不能做我也不强求。
我是搞实验的，以前几乎用不到这些计算机方面的知识，学起来连教程看着都费劲 >_<    作为一个MS方面的小白，我自然是希望步骤越少越好，需要新学的东西越少越好。
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4楼2015-12-03 14:48:44
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fengjunchen

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by th_ink28 at 2015-12-03 00:17:51
可以参考gromacs的教程中umbrella sampling 的例子

谢谢！我去搜搜教程吧。
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5楼2015-12-03 14:50:46
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astrozheng

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

一般来说，如果没有AB的结晶结构，先分子对接，然后跑分子动力学模拟，计算MMPBSA（或者MMGBSA）作为结合能。

如果知道ＡＢ在一起的结晶结构，可以短暂跑一点分子动力学模拟，基于轨迹的snapshot计算每一帧的MMPBSA，再计算平均值，作为结合能。（一般可以不考虑entropy）
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个人签名用英文会没有空格，真是个bug.
6楼2015-12-06 21:14:27
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fengjunchen

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by astrozheng at 2015-12-06 21:14:27
一般来说，如果没有AB的结晶结构，先分子对接，然后跑分子动力学模拟，计算MMPBSA（或者MMGBSA）作为结合能。

如果知道ＡＢ在一起的结晶结构，可以短暂跑一点分子动力学模拟，基于轨迹的snapshot计算每一帧的MMP ...

都是些没听过的名词呢。我先去搜搜MMPBSA相关的知识吧。谢谢你！
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7楼2015-12-06 22:34:38
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fengjunchen

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by astrozheng at 2015-12-06 21:14:27
一般来说，如果没有AB的结晶结构，先分子对接，然后跑分子动力学模拟，计算MMPBSA（或者MMGBSA）作为结合能。

如果知道ＡＢ在一起的结晶结构，可以短暂跑一点分子动力学模拟，基于轨迹的snapshot计算每一帧的MMP ...

经过一段时间的了解，总算对MD这东西有些知识了……对于有晶体结构的A+B的组合，我大概应该跑多少纳秒为好呢？我看别人的文献计算MMPBSA大概起码有20个数值算平均，那我是不是应该起码跑出来20帧？
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8楼2016-06-02 09:43:10
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astrozheng

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
fengjunchen: 金币+10, ★★★很有帮助 2016-07-05 11:28:21
引用回帖:
8楼: Originally posted by fengjunchen at 2016-06-02 09:43:10
经过一段时间的了解，总算对MD这东西有些知识了……对于有晶体结构的A+B的组合，我大概应该跑多少纳秒为好呢？我看别人的文献计算MMPBSA大概起码有20个数值算平均，那我是不是应该起码跑出来20帧？...

20 frame明显太少。起码有个几十纳秒，然后抽出一部分结构算mmpbsa

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个人签名用英文会没有空格，真是个bug.
9楼2016-06-03 00:54:04
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fengjunchen

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by astrozheng at 2016-06-03 00:54:04
20 frame明显太少。起码有个几十纳秒，然后抽出一部分结构算mmpbsa
...

哦哦。谢谢~~
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10楼2016-06-03 10:16:16
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