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柚小西

新虫 (初入文坛)

[求助] PDB上找到一个基因有氨基酸序列，可是在NCBI上却找不到对应的核苷酸序列。 已有1人参与

一年前找生物公司合成了一个α-amylase基因，可是这个基因在NCBI上只有氨基酸序列，没有核苷酸序列呢，好奇怪的，在毕赤酵母上表达，表达不出来，并且已经尝试了俩个载体了。然后还研三了呢。所以现在怀疑是基因本身并不完整， 缺失了ORF阅读框的一部分，请大神们帮帮我，是否能找到核苷酸序列呢。
这个酶的PDB编号是2AAA。NCBI上的链接是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/2AAA_A。此酶本身有484个氨基酸残基，但是它的晶体结构只有476个残基，C-末端的残基丢失了。
新人金币少，请见谅。在线等，急。研三女含泪求助
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1楼 2015-11-30 21:23:28
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
柚小西: 金币+6, ★★★很有帮助, 谢谢 2015-11-30 22:52:08
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucl ... amp;RID=5SR72KMP014

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucl ... amp;RID=5SR72KMP014

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucl ... amp;RID=5SR72KMP014

你看看是哪个，都有少量突变，或者你合成的那个蛋白来自同一个物种的不同克隆株。
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2楼2015-11-30 22:33:13
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柚小西

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-11-30 22:33:13
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/317032247?report=genbank&log$=nuclalign&blast_rank=1&RID=5SR72KMP014

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/158828381?report=genbank&log$=nuc ...

亲，这个是如何找到的呢，我看了你给的核苷酸序列，不知道如何筛选，亲有建议吗。还有，我合成的蛋白应该是单链的吧。？
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3楼2015-11-30 22:55:15
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 柚小西 at 2015-11-30 22:55:15
亲，这个是如何找到的呢，我看了你给的核苷酸序列，不知道如何筛选，亲有建议吗。还有，我合成的蛋白应该是单链的吧。？...

平时看别人合成多肽都是十几个氨基酸的，你的400多氨基酸不知道是怎么合成。我建议你问一下帮你合成的公司，或者找找当时公司给出的合成报告。这么长的片段一般都是合成基因，然后再利用基因表达蛋白。
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4楼2015-12-01 10:16:06
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柚小西

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-11-30 22:33:13
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/317032247?report=genbank&log$=nuclalign&blast_rank=1&RID=5SR72KMP014

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/158828381?report=genbank&log$=nuc ...

亲， 你找到的第三条序列正是我一直寻找的核苷酸序列， 谢谢亲。想问一个问题， 在第三条序列中显示CDS区是1-1455个碱基，mRNA区是 <1..>1455， 看不懂mRNA是啥意思呢？是全基因序列码，还是我用NCBI ORF 找到的163-1454个碱基是ORF区？现在表达不出来，想知道这个α-amylase完整的mRNA序列是从哪里开始到哪里结束
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5楼2015-12-10 10:40:21
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 柚小西 at 2015-12-10 10:40:21
亲， 你找到的第三条序列正是我一直寻找的核苷酸序列， 谢谢亲。想问一个问题， 在第三条序列中显示CDS区是1-1455个碱基，mRNA区是 <1..>1455， 看不懂mRNA是啥意思呢？是全基因序列码，还是我用NCBI ORF 找 ...

你手头上有蛋白序列吧，到NCBI上用blastx比对一下就知道了.蛋白和基因做blastx
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6楼2015-12-10 11:08:22
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柚小西

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuderong at 2015-12-10 11:08:22
你手头上有蛋白序列吧，到NCBI上用blastx比对一下就知道了.蛋白和基因做blastx...

亲，请问你的第一条序列中，点进去标题是Aspergillus niger CBS 513.88 alpha-amylase A type-1/2 partial mRNA， 值得是不完整的mRNA吗？
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7楼2015-12-10 16:38:02
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superharry

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 柚小西 at 2015-12-10 16:38:02
亲，请问你的第一条序列中，点进去标题是Aspergillus niger CBS 513.88 alpha-amylase A type-1/2 partial mRNA， 值得是不完整的mRNA吗？...

我也非常想知道这个问题，在NCBI上查到的mRNA 显示partial mRNA，不知道啥意思，我想克隆并表达这个基因，不知道如何得到全长？
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8楼2016-10-02 20:19:46
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