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柚小西

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[求助] PDB上找到一个基因有氨基酸序列，可是在NCBI上却找不到对应的核苷酸序列。已有1人参与

一年前找生物公司合成了一个α-amylase基因，可是这个基因在NCBI上只有氨基酸序列，没有核苷酸序列呢，好奇怪的，在毕赤酵母上表达，表达不出来，并且已经尝试了俩个载体了。

然后还研三了呢。所以现在怀疑是基因本身并不完整，缺失了ORF阅读框的一部分，请大神们帮帮我，是否能找到核苷酸序列呢。
这个酶的PDB编号是2AAA。NCBI上的链接是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/2AAA_A。此酶本身有484个氨基酸残基，但是它的晶体结构只有476个残基，C-末端的残基丢失了。
新人金币少，请见谅。在线等，急。研三女含泪求助

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哪位精通NCBI数据库的大神可以进来帮我看看这个基因吗？已经有10人回复

1楼 2015-11-30 21:23:28

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柚小西

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引用回帖:

2楼: Originally posted by liuderong at 2015-11-30 22:33:13
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/317032247?report=genbank&log$=nuclalign&blast_rank=1&RID=5SR72KMP014

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/158828381?report=genbank&log$=nuc ...

亲，这个是如何找到的呢，我看了你给的核苷酸序列，不知道如何筛选，亲有建议吗。还有，我合成的蛋白应该是单链的吧。？

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3楼2015-11-30 22:55:15

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引用回帖:

亲，你找到的第三条序列正是我一直寻找的核苷酸序列，谢谢亲。想问一个问题，在第三条序列中显示CDS区是1-1455个碱基，mRNA区是 <1..>1455，看不懂mRNA是啥意思呢？是全基因序列码，还是我用NCBI ORF 找到的163-1454个碱基是ORF区？现在表达不出来，想知道这个α-amylase完整的mRNA序列是从哪里开始到哪里结束