应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PDB上找到一个基因有氨基酸序列，可是在NCBI上却找不到对应的核苷酸序列。
81/1返回列表
查看: 3417  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

柚小西

新虫 (初入文坛)

[求助] PDB上找到一个基因有氨基酸序列，可是在NCBI上却找不到对应的核苷酸序列。 已有1人参与

一年前找生物公司合成了一个α-amylase基因，可是这个基因在NCBI上只有氨基酸序列，没有核苷酸序列呢，好奇怪的，在毕赤酵母上表达，表达不出来，并且已经尝试了俩个载体了。然后还研三了呢。所以现在怀疑是基因本身并不完整， 缺失了ORF阅读框的一部分，请大神们帮帮我，是否能找到核苷酸序列呢。
这个酶的PDB编号是2AAA。NCBI上的链接是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/2AAA_A。此酶本身有484个氨基酸残基，但是它的晶体结构只有476个残基，C-末端的残基丢失了。
新人金币少，请见谅。在线等，急。研三女含泪求助
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-11-30 21:23:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
柚小西: 金币+6, ★★★很有帮助, 谢谢 2015-11-30 22:52:08
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucl ... amp;RID=5SR72KMP014

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucl ... amp;RID=5SR72KMP014

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucl ... amp;RID=5SR72KMP014

你看看是哪个，都有少量突变，或者你合成的那个蛋白来自同一个物种的不同克隆株。
赞一下 回复此楼
2楼2015-11-30 22:33:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

柚小西

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-11-30 22:33:13
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/317032247?report=genbank&log$=nuclalign&blast_rank=1&RID=5SR72KMP014

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/158828381?report=genbank&log$=nuc ...

亲，这个是如何找到的呢，我看了你给的核苷酸序列，不知道如何筛选，亲有建议吗。还有，我合成的蛋白应该是单链的吧。？
赞一下 回复此楼
3楼2015-11-30 22:55:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 柚小西 at 2015-11-30 22:55:15
亲，这个是如何找到的呢，我看了你给的核苷酸序列，不知道如何筛选，亲有建议吗。还有，我合成的蛋白应该是单链的吧。？...

平时看别人合成多肽都是十几个氨基酸的，你的400多氨基酸不知道是怎么合成。我建议你问一下帮你合成的公司，或者找找当时公司给出的合成报告。这么长的片段一般都是合成基因，然后再利用基因表达蛋白。
赞一下 回复此楼
4楼2015-12-01 10:16:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

柚小西

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-11-30 22:33:13
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/317032247?report=genbank&log$=nuclalign&blast_rank=1&RID=5SR72KMP014

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/158828381?report=genbank&log$=nuc ...

亲， 你找到的第三条序列正是我一直寻找的核苷酸序列， 谢谢亲。想问一个问题， 在第三条序列中显示CDS区是1-1455个碱基，mRNA区是 <1..>1455， 看不懂mRNA是啥意思呢？是全基因序列码，还是我用NCBI ORF 找到的163-1454个碱基是ORF区？现在表达不出来，想知道这个α-amylase完整的mRNA序列是从哪里开始到哪里结束
赞一下 回复此楼
5楼2015-12-10 10:40:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 柚小西 at 2015-12-10 10:40:21
亲， 你找到的第三条序列正是我一直寻找的核苷酸序列， 谢谢亲。想问一个问题， 在第三条序列中显示CDS区是1-1455个碱基，mRNA区是 <1..>1455， 看不懂mRNA是啥意思呢？是全基因序列码，还是我用NCBI ORF 找 ...

你手头上有蛋白序列吧，到NCBI上用blastx比对一下就知道了.蛋白和基因做blastx
赞一下 回复此楼
6楼2015-12-10 11:08:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

柚小西

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuderong at 2015-12-10 11:08:22
你手头上有蛋白序列吧，到NCBI上用blastx比对一下就知道了.蛋白和基因做blastx...

亲，请问你的第一条序列中，点进去标题是Aspergillus niger CBS 513.88 alpha-amylase A type-1/2 partial mRNA， 值得是不完整的mRNA吗？
赞一下 回复此楼
7楼2015-12-10 16:38:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superharry

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 柚小西 at 2015-12-10 16:38:02
亲，请问你的第一条序列中，点进去标题是Aspergillus niger CBS 513.88 alpha-amylase A type-1/2 partial mRNA， 值得是不完整的mRNA吗？...

我也非常想知道这个问题，在NCBI上查到的mRNA 显示partial mRNA，不知道啥意思，我想克隆并表达这个基因，不知道如何得到全长？
赞一下 回复此楼
8楼2016-10-02 20:19:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 柚小西 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 高分子化学与物理调剂 +4 好好好1233 2026-02-28 8/400 2026-03-01 09:26 by 好好好1233
[考研] 290求调剂 +6 材料专硕调剂； 2026-02-28 7/350 2026-03-01 09:21 by L135790
[考研] 272求调剂 +4 材紫有化 2026-02-28 4/200 2026-03-01 09:20 by L135790
[考研] 291分工科求调剂 +5 science饿饿 2026-03-01 5/250 2026-03-01 09:19 by L135790
[论文投稿] 求助coordination chemistry reviews 的写作模板 10+3 ljplijiapeng 2026-02-27 4/200 2026-03-01 09:07 by babero
[考研] 284求调剂 +5 天下熯 2026-02-28 5/250 2026-03-01 08:49 by ms629
[考研] 272求调剂 +4 田智友 2026-02-28 4/200 2026-03-01 06:43 by 刘兵
[考研] 材料调剂 +4 爱擦汗的可乐冰 2026-02-28 4/200 2026-03-01 00:38 by 猫猫球alter
[基金申请] 面上模板改不了页边距吧？ +5 ieewxg 2026-02-25 6/300 2026-03-01 00:10 by addressing
[考研] 307求调剂 +4 73372112 2026-02-28 6/300 2026-03-01 00:04 by ll247
[考研] 304求调剂 +3 52hz~~ 2026-02-28 5/250 2026-03-01 00:00 by 52hz~~
[考博] 26申博 +4 想申博！ 2026-02-26 4/200 2026-02-28 21:37 by limorning
[考研] 材料学调剂 +5 提神豆沙包 2026-02-28 5/250 2026-02-28 21:34 by gaoxiaoniuma
[考研] 264求调剂 +3 巴拉巴拉根556 2026-02-28 3/150 2026-02-28 21:31 by gaoxiaoniuma
[考研] 求调剂 +4 repeatt?t 2026-02-28 4/200 2026-02-28 21:16 by gaoxiaoniuma
[考研] 276求调剂 +3 路lyh123 2026-02-28 4/200 2026-02-28 19:45 by 路lyh123
[考博] 博士自荐 +3 kkluvs 2026-02-28 3/150 2026-02-28 16:59 by StarAura
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
[硕博家园] 博士自荐 +6 科研狗111 2026-02-26 9/450 2026-02-28 12:32 by seaskyy
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭