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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS模拟中的一些问题，望大神帮帮忙！
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鬼斗1990

金虫 (小有名气)

[求助] MS模拟中的一些问题，望大神帮帮忙！

我在用MS做环氧树脂的交联反应，先是建立一个AC盒子，在里面放入反应物，然后，我自己手动交联之后，需要在这个交联体系中放入一些有害物质的小分子，但是在AC的construction模块中，无法加入这个交联体系，所以，我就没有办法将小分子放入到聚合体中，求各位大神帮忙解答！谢谢各位了！
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1楼2015-11-25 16:39:26
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2015-11-26 14:29:00
ac的功能主要是把没晶胞的小分子组合到一起放到一个晶胞，你的聚合物已经在盒子里了，所以不能作为ac task的输入文件

2种方法
adsorption locator，可以在晶胞中直接添加小分子
聚合物盒子把聚合物链复制出来做个新的xsd，新的xsd和小分子xsd作为ac task的输入文件
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2015-11-25 16:48:28
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
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4楼: Originally posted by 鬼斗1990 at 2015-11-26 09:26:39
大神！你说的以上的方法都必须是这个交联体系是一个整体，然而，我在进行交联反应时，整个AC盒子里面它是没有办法成为一个整体的，它是有一些长链，中短链组合而成的，如果是这样，那该怎么往这个体系中添加另外的 ...

那就用adsorption locator，打开你的AC盒子，选adsorption locator功能，adsorbate里选择要放进去的小分子的xsd
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5楼2015-11-26 09:58:42
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
6楼: Originally posted by 鬼斗1990 at 2015-11-28 11:09:11
大神，我在操作adsorption locator时，我想知道Task中模拟退火的设置是不是就是我以后退火的设置，或者是以后操作退火时的补充设置。在AC盒子中添加小分子对于AC盒子本身有什么要求吗？还有，我在添加时老是出现任 ...

这里的退火和以后做forcite的退火不一样

我也不清楚你这个哪里错误了，你点提示框的yes，download的一些文件里会有错误的信息
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7楼2015-11-30 10:39:05
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鬼斗1990

金虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-25 16:48:28
ac的功能主要是把没晶胞的小分子组合到一起放到一个晶胞，你的聚合物已经在盒子里了，所以不能作为ac task的输入文件

2种方法
adsorption locator，可以在晶胞中直接添加小分子
聚合物盒子把聚合物链复制出来做 ...

大神！你说的以上的方法都必须是这个交联体系是一个整体，然而，我在进行交联反应时，整个AC盒子里面它是没有办法成为一个整体的，它是有一些长链，中短链组合而成的，如果是这样，那该怎么往这个体系中添加另外的小分子？
谢谢大神的帮忙！
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3楼2015-11-26 09:26:28
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鬼斗1990

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-25 16:48:28
ac的功能主要是把没晶胞的小分子组合到一起放到一个晶胞，你的聚合物已经在盒子里了，所以不能作为ac task的输入文件

2种方法
adsorption locator，可以在晶胞中直接添加小分子
聚合物盒子把聚合物链复制出来做 ...

大神！你说的以上的方法都必须是这个交联体系是一个整体，然而，我在进行交联反应时，整个AC盒子里面它是没有办法成为一个整体的，它是有一些长链，中短链组合而成的，如果是这样，那该怎么往这个体系中添加另外的小分子？
谢谢大神的帮忙！
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4楼2015-11-26 09:26:39
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鬼斗1990

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-26 09:58:42
那就用adsorption locator，打开你的AC盒子，选adsorption locator功能，adsorbate里选择要放进去的小分子的xsd...

大神，我在操作adsorption locator时，我想知道Task中模拟退火的设置是不是就是我以后退火的设置，或者是以后操作退火时的补充设置。在AC盒子中添加小分子对于AC盒子本身有什么要求吗？还有，我在添加时老是出现任务终止，大神帮我看看为什么？谢谢大神了   
大神这次回应助   孝敬大神金币   谢谢多次帮忙
MS模拟中的一些问题，望大神帮帮忙！
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6楼2015-11-28 11:09:11
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鬼斗1990

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-30 10:39:05
这里的退火和以后做forcite的退火不一样

我也不清楚你这个哪里错误了，你点提示框的yes，download的一些文件里会有错误的信息...

大神，帮我看看，这是我点了yes之后的结果，也就是我的操做失败的原因，我是新手，知道的太少了，问了这么多，麻烦了，谢谢
MS模拟中的一些问题，望大神帮帮忙！-1
LZA3OL96QJ5Y@8UO4EUHQOI.png
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8楼2015-12-01 21:18:36
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
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8楼: Originally posted by 鬼斗1990 at 2015-12-01 21:18:36
大神，帮我看看，这是我点了yes之后的结果，也就是我的操做失败的原因，我是新手，知道的太少了，问了这么多，麻烦了，谢谢

LZA3OL96QJ5Y@8UO4EUHQOI.png
...

错误描述很简单，你的BPA分子加不进AC胞里面

可能原因有几个：
100000步数太少
AC胞内的空隙太小塞不进BPA分子
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9楼2015-12-02 08:20:46
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鬼斗1990

金虫 (小有名气)
大神，我前面的错误，你说是BPA分子加不进AC盒子里面，所以，我就调节了聚合体的密度，使得AC盒子的体积变大，但是，仍然出现相同的错误。
我如果直接在做聚合物时就把小分子单体放入到AC盒子中，显示的AC盒子的尺寸还小于我把密度变小之后的体积，这是为什么？就是添加不进去
求大神解答！谢谢
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10楼2015-12-02 18:54:20
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