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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS模拟中的一些问题，望大神帮帮忙！
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鬼斗1990

金虫 (小有名气)

[求助] MS模拟中的一些问题，望大神帮帮忙！

我在用MS做环氧树脂的交联反应，先是建立一个AC盒子，在里面放入反应物，然后，我自己手动交联之后，需要在这个交联体系中放入一些有害物质的小分子，但是在AC的construction模块中，无法加入这个交联体系，所以，我就没有办法将小分子放入到聚合体中，求各位大神帮忙解答！谢谢各位了！
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1楼 2015-11-25 16:39:26
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
8楼: Originally posted by 鬼斗1990 at 2015-12-01 21:18:36
大神，帮我看看，这是我点了yes之后的结果，也就是我的操做失败的原因，我是新手，知道的太少了，问了这么多，麻烦了，谢谢

LZA3OL96QJ5Y@8UO4EUHQOI.png
...

错误描述很简单，你的BPA分子加不进AC胞里面

可能原因有几个：
100000步数太少
AC胞内的空隙太小塞不进BPA分子
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
9楼2015-12-02 08:20:46
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2015-11-26 14:29:00
ac的功能主要是把没晶胞的小分子组合到一起放到一个晶胞，你的聚合物已经在盒子里了，所以不能作为ac task的输入文件

2种方法
adsorption locator，可以在晶胞中直接添加小分子
聚合物盒子把聚合物链复制出来做个新的xsd，新的xsd和小分子xsd作为ac task的输入文件
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2015-11-25 16:48:28
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鬼斗1990

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-25 16:48:28
ac的功能主要是把没晶胞的小分子组合到一起放到一个晶胞，你的聚合物已经在盒子里了，所以不能作为ac task的输入文件

2种方法
adsorption locator，可以在晶胞中直接添加小分子
聚合物盒子把聚合物链复制出来做 ...

大神！你说的以上的方法都必须是这个交联体系是一个整体，然而，我在进行交联反应时，整个AC盒子里面它是没有办法成为一个整体的，它是有一些长链，中短链组合而成的，如果是这样，那该怎么往这个体系中添加另外的小分子？
谢谢大神的帮忙！
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3楼2015-11-26 09:26:28
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鬼斗1990

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-25 16:48:28
ac的功能主要是把没晶胞的小分子组合到一起放到一个晶胞，你的聚合物已经在盒子里了，所以不能作为ac task的输入文件

2种方法
adsorption locator，可以在晶胞中直接添加小分子
聚合物盒子把聚合物链复制出来做 ...

大神！你说的以上的方法都必须是这个交联体系是一个整体，然而，我在进行交联反应时，整个AC盒子里面它是没有办法成为一个整体的，它是有一些长链，中短链组合而成的，如果是这样，那该怎么往这个体系中添加另外的小分子？
谢谢大神的帮忙！
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4楼2015-11-26 09:26:39
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