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【分享】教你如何在CIF文件中表达氢键
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本来是回答4028...同学的问题的. 但那个主题不知道为何被删除了. 看其他人也老在问, 就在这里说一说. 问题一: 向ACta Cryst. C或E投稿, 需要产生氢键表, 该怎么办呢? 正确次序如下: 1. 先在.ins中加 HTAB (加在UNIT后面和FVAR之前的任何地方) 2. 从.lst中 查看可能的氢键, 一般会看到如下 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) O19-H3 0.864 2.168 154.00 2.969 O4 [ -x, -y, -z ] O21-H6 0.857 1.949 144.74 2.695 O27 [ -x, -y, -z+1 ] 3. 在 .ins中, 加以下行 ACTA BOND $H HTAB HTAB O25 O21 EQIV $1 -x, -y, -z EQIV $2 -x, -y, 1-z HTAB O19 O4_$1 HTAB O21 O27_$2 (加在UNIT后面和FVAR之前的任何地方) 4. 精修n轮到收敛 5. 那么, 在.lst中 你会看到 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.90 2.34 3.151(8) 149.0 O25-H13...O21 0.86(2) 2.17(4) 2.969(8) 154(8) O19-H3...O4_$1 0.86(2) 1.95(6) 2.695(7) 145(8) O21-H6...O27_$2 5. 而在 .cif中, 你会看到以下信息. 注意一下 symmtry code的对应关系. 比如3556 表示 -x, -y, 1-z _symmetry_cell_setting monoclinic _symmetry_space_group_name_H-M P2(1)/n loop_ _symmetry_equiv_pos_as_xyz 'x, y, z' '-x+1/2, y+1/2, -z+1/2' '-x, -y, -z' 'x-1/2, -y-1/2, z-1/2' (这是P21/n空间群相对应的四个symmetry operations) loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A O25 H13 O21 0.90 2.34 3.151(8) 149.0 . O19 H3 O4 0.86(2) 2.17(4) 2.969(8) 154(8) 3 O21 H6 O27 0.86(2) 1.95(6) 2.695(7) 145(8) 3_556 问题二: 如何查看不常见的氢键?, 用别的程序算出来的氢键, 其acceptor的symmetry code对称码与shelx算的不一致怎么办? 象C-H...O这类氢键, Shelx好象不给计算, 至少是我不知道如何算. 那么怎么算呢? 方法一: 用Platon, 或者PWT中的Platon 其中有Calc H-bond或Calc all的命令 方法二: 用Material Studio可以检查, 但要把C设为donor 但是, 根据一些虫子的报道, Platon算出来的氢键, 其对称操作码会和XP和shelx 算出来的不一致. 这个, 据我查看, 好象是Platon计算时, 有时会把你的文件中的有些原子坐标做个平移.(是不是这个原因, 要请熟悉Platon的人说说). 而要注意的是, 有时候, XP中的symmetry code (用SYMM指令)和最终CIF中的 也会有所不同, 比如 P2(1)/n, 在XP中, 就把-x, -y, -z排在2, 而在cif中是在3. 我的看法, 如果你的结构是用Shelx或Shextl解的, 可以用Platon计算非常规氢键, 但不要相信platon所给的对称操作码, 因为platon做计算时可能把有些原子的坐标平移了. 这时候, 要回过头来用XP来查对正确的对称操作码. 比如我举的上述例子, 用Platon算的, 有个氢键是 O(21) --H(6) ..O(27) [ 2545.07] 0.86 1.95 2.6946 145 那你用XP打开.ins, fmol后, arad 0.2 2 2 O21 envi o21 你就会发现与O21距离是2.6946对应的O27的symmetry code是2556, symm 一下, 发现 2 对应的是-x, -y, -z 所以, O27的对称操作是-x, -y, 1-z 而要注意的是, 在CIF中, -x, -y, -z是排在第三个的, 所以O27的symmetry code 最后在CIF中应为3556. 所以, 关键是要明白symmetry code的含义. 然后要以CIF中的为准. 问题三: 对称操作的含义 关于对称操作码的含义, 举个例子: 比如 P21/n 这个空间群, 在CIF中有 _symmetry_cell_setting monoclinic _symmetry_space_group_name_H-M P2(1)/n loop_ _symmetry_equiv_pos_as_xyz 'x, y, z' '-x+1/2, y+1/2, -z+1/2' '-x, -y, -z' 'x-1/2, -y-1/2, z-1/2' 上面四个就是P21/n这个空间群对应的对称操作. 如果你有个氢键是: O21 H6 O27 0.86(2) 1.95(6) 2.695(7) 145(8) 3_556 就表明: O27的坐标是在 -x, -y, 1-z的位置. 其中3表示空间群P21/n的第三个对称操作, 即'-x, -y, -z' ; 也就是在_symmetry_equiv_pos_as_xyz 中排第三的那个操作. 而556表示在a, b ,c方向上的平移. 5不平移. 6是往正方向平移一个单胞, 即+1, 4是-1. 注意一下, 在.ins中, 对称操作数目对有心的空间群来说是减半的, 而且x, y, z这个操作也不会出现. 比如 上述P21/n, 在.ins中, 就只出现 0.5-X, 0.5+Y, 0.5-Z 具体举例如下: TITL NONE in P2(1)/n CELL 0.71073 1.0000 1.0000 1.0000 90.000 90.000 90.000 ZERR 1.00 0.0002 0.0002 0.0002 0.000 0.030 0.000 LATT 1 SYMM 0.5-X, 0.5+Y, 0.5-Z [ Last edited by xi2004 on 2009-7-31 at 09:15 ] |
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