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陈硕

铜虫 (正式写手)

[求助] 原核生物的CDS序列和SD序列(NCBI) 已有2人参与

最近开始进行质粒构建,查阅NCBI找到了相关基因的阅读框,也就是CDS序列,但为什么有的不是atg开头的呢?居然是gtg开头的,而且就像图中所给的CDS序列,它的核糖体结合位点又是什么?该怎么确定呢?我需要找到每个基因的核糖体结合位点,一并导入质粒(有这个必要吗?我怕不表达)。
      我的实验需要导入三段基因A,B,C,有A,B两段基因的转录方向是一致的,C是相反的,而它们在原基因上是以C,A,B的顺序排列的(A和C之间间隔的有其它基因,但它们同属一个基因簇),我在导入质粒的时候是否要遵循其排列的方向?  而且我是不是在设计C基因引物的时候要反着来看C基因的序列?

刚开始做这一块儿,已经纠结了一周了。求各位老师和大神们多多指点。

原核生物的CDS序列和SD序列(NCBI)
A.png


原核生物的CDS序列和SD序列(NCBI)-1
B.png


原核生物的CDS序列和SD序列(NCBI)-2
C.png
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gwooo

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 陈硕 at 2015-11-19 17:26:08
谢谢老师耐心指点,以下是我做的图。

4F6472D9-82E7-4DB6-AC29-F4F836F993B8.png
...

思路合理,可以尝试.
8楼2015-11-19 18:16:21
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gwooo

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
陈硕: 金币+40, ★★★★★最佳答案 2015-11-16 08:52:13
原核生物中有许多基因(尤其是高GC含量的,如放线菌)起始密码子为gtg,很正常。RBS区一般在atg或gtg前4-6个碱基,一般会是ggagg等。如果你是在初始菌株中表达,不需要考虑太多,只要片段含有完整启动子就可以,方向无关。如果异源表达,需要多考虑。建议看一些有关书籍。
2楼2015-11-13 17:50:15
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gzbjzjchen

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
陈硕: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-16 08:52:26
原核生物有的开始是gug,正常

发自小木虫Android客户端
3楼2015-11-15 18:23:58
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陈硕

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gwooo at 2015-11-13 17:50:15
原核生物中有许多基因(尤其是高GC含量的,如放线菌)起始密码子为gtg,很正常。RBS区一般在atg或gtg前4-6个碱基,一般会是ggagg等。如果你是在初始菌株中表达,不需要考虑太多,只要片段含有完整启动子就可以,方向无 ...

谢谢老师!我做的的确是放线菌,而且是在原始菌株中表达,但我还是有不明白的地方,因为C基因它的表达方向和A,B的不一样(基因簇上面的箭头方向是相反的),当把C基因与A,B串联在一起的时候,我应该需要"倒着"去将C基因与A,B连接上吧?此外这三个基因共用一个启动子。
图片A的核糖体结合位点:ggagg
图片B的核糖体结合位点应该是aggaga吧
图片C的核糖体结合位点是什么呢?(C基因的转录表达方向是相反的,反着看序列,发现不好确定,是第19位的ggag吗?)

因为这三个基因里A,B是挨着的,我准备把它们都PCR出来连接在T载体上,再将3个串联基因酶切下来,导入整合型质粒,最终导入链霉菌中。这样做应该可行。
4楼2015-11-16 09:11:59
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