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原核生物的CDS序列和SD序列（NCBI） 已有2人参与
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最近开始进行质粒构建，查阅NCBI找到了相关基因的阅读框，也就是CDS序列，但为什么有的不是atg开头的呢？居然是gtg开头的，而且就像图中所给的CDS序列，它的核糖体结合位点又是什么？该怎么确定呢？我需要找到每个基因的核糖体结合位点，一并导入质粒（有这个必要吗？我怕不表达）。 我的实验需要导入三段基因A,B,C，有A,B两段基因的转录方向是一致的，C是相反的，而它们在原基因上是以C,A,B的顺序排列的（A和C之间间隔的有其它基因，但它们同属一个基因簇），我在导入质粒的时候是否要遵循其排列的方向？ 而且我是不是在设计C基因引物的时候要反着来看C基因的序列？ 刚开始做这一块儿，已经纠结了一周了。求各位老师和大神们多多指点。  A.png  B.png  C.png |
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gwooo
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2楼2015-11-13 17:50:15
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【答案】应助回帖
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原核生物有的开始是gug,正常 发自小木虫Android客户端 |
3楼2015-11-15 18:23:58
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谢谢老师！我做的的确是放线菌，而且是在原始菌株中表达，但我还是有不明白的地方，因为C基因它的表达方向和A,B的不一样（基因簇上面的箭头方向是相反的），当把C基因与A,B串联在一起的时候，我应该需要"倒着"去将C基因与A,B连接上吧？此外这三个基因共用一个启动子。 图片A的核糖体结合位点：ggagg 图片B的核糖体结合位点应该是aggaga吧 图片C的核糖体结合位点是什么呢？（C基因的转录表达方向是相反的，反着看序列，发现不好确定，是第19位的ggag吗？） 因为这三个基因里A,B是挨着的，我准备把它们都PCR出来连接在T载体上，再将3个串联基因酶切下来，导入整合型质粒，最终导入链霉菌中。这样做应该可行。 |
4楼2015-11-16 09:11:59
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gwooo
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6楼2015-11-17 16:45:21
7楼2015-11-19 17:26:08
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8楼2015-11-19 18:16:21
