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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 原核生物的CDS序列和SD序列（NCBI）
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陈硕

铜虫 (正式写手)

[求助] 原核生物的CDS序列和SD序列（NCBI） 已有2人参与

最近开始进行质粒构建，查阅NCBI找到了相关基因的阅读框，也就是CDS序列，但为什么有的不是atg开头的呢？居然是gtg开头的，而且就像图中所给的CDS序列，它的核糖体结合位点又是什么？该怎么确定呢？我需要找到每个基因的核糖体结合位点，一并导入质粒（有这个必要吗？我怕不表达）。
      我的实验需要导入三段基因A,B,C，有A,B两段基因的转录方向是一致的，C是相反的，而它们在原基因上是以C,A,B的顺序排列的（A和C之间间隔的有其它基因，但它们同属一个基因簇），我在导入质粒的时候是否要遵循其排列的方向？  而且我是不是在设计C基因引物的时候要反着来看C基因的序列？

刚开始做这一块儿，已经纠结了一周了。求各位老师和大神们多多指点。

原核生物的CDS序列和SD序列（NCBI）
A.png


原核生物的CDS序列和SD序列（NCBI）-1
B.png


原核生物的CDS序列和SD序列（NCBI）-2
C.png
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1楼 2015-11-13 17:30:13
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gwooo

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
陈硕: 金币+40, ★★★★★最佳答案 2015-11-16 08:52:13
原核生物中有许多基因(尤其是高GC含量的，如放线菌)起始密码子为gtg，很正常。RBS区一般在atg或gtg前4-6个碱基，一般会是ggagg等。如果你是在初始菌株中表达，不需要考虑太多，只要片段含有完整启动子就可以，方向无关。如果异源表达，需要多考虑。建议看一些有关书籍。
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2楼2015-11-13 17:50:15
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gzbjzjchen

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
陈硕: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-16 08:52:26
原核生物有的开始是gug,正常

发自小木虫Android客户端
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3楼2015-11-15 18:23:58
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陈硕

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gwooo at 2015-11-13 17:50:15
原核生物中有许多基因(尤其是高GC含量的，如放线菌)起始密码子为gtg，很正常。RBS区一般在atg或gtg前4-6个碱基，一般会是ggagg等。如果你是在初始菌株中表达，不需要考虑太多，只要片段含有完整启动子就可以，方向无 ...

谢谢老师！我做的的确是放线菌，而且是在原始菌株中表达，但我还是有不明白的地方，因为C基因它的表达方向和A,B的不一样（基因簇上面的箭头方向是相反的），当把C基因与A,B串联在一起的时候，我应该需要"倒着"去将C基因与A,B连接上吧？此外这三个基因共用一个启动子。
图片A的核糖体结合位点：ggagg
图片B的核糖体结合位点应该是aggaga吧
图片C的核糖体结合位点是什么呢？（C基因的转录表达方向是相反的，反着看序列，发现不好确定，是第19位的ggag吗？）

因为这三个基因里A,B是挨着的，我准备把它们都PCR出来连接在T载体上，再将3个串联基因酶切下来，导入整合型质粒，最终导入链霉菌中。这样做应该可行。
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4楼2015-11-16 09:11:59
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陈硕

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gwooo at 2015-11-13 17:50:15
原核生物中有许多基因(尤其是高GC含量的，如放线菌)起始密码子为gtg，很正常。RBS区一般在atg或gtg前4-6个碱基，一般会是ggagg等。如果你是在初始菌株中表达，不需要考虑太多，只要片段含有完整启动子就可以，方向无 ...

老师还在吗？求指导。。。
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5楼2015-11-17 09:16:08
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gwooo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 陈硕 at 2015-11-17 09:16:08
老师还在吗？求指导。。。...

三个基因共用一个启动子,但方向还不一致,不能理解.如果有三个基因连续的序列,建议画个图.RBS不会离atg太远，很可能是ggcg，反响序列cgcc.
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6楼2015-11-17 16:45:21
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陈硕

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by gwooo at 2015-11-17 16:45:21
三个基因共用一个启动子,但方向还不一致,不能理解.如果有三个基因连续的序列,建议画个图.RBS不会离atg太远，很可能是ggcg，反响序列cgcc....

谢谢老师耐心指点，以下是我做的图。
原核生物的CDS序列和SD序列（NCBI）-3
4F6472D9-82E7-4DB6-AC29-F4F836F993B8.png
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7楼2015-11-19 17:26:08
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gwooo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 陈硕 at 2015-11-19 17:26:08
谢谢老师耐心指点，以下是我做的图。

4F6472D9-82E7-4DB6-AC29-F4F836F993B8.png
...

思路合理,可以尝试.
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8楼2015-11-19 18:16:21
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