| 查看: 2818 | 回复: 5 | |||
[求助]
【跪求指教！】NCBI提交编码蛋白的基因序列出现ERROR（有终止密码子） 已有1人参与
|
|
各位大侠各位老师！！！ 第一次提交基因序列， 序列来源为：环境中的原核生物 （对其的一种 functional gene 序列用特定引物扩增而成，理论应为编码蛋白序列，非16S序列）， 结果， 五百多条序列中有一百多条出现error。 系统说是由于 Stop codon '*' is found in the range. 序列中间出现了终止密码子导致无法编码氨基酸序列。 请问： 1. 这种序列中间出现终止密码子的情况是否可以自行分析剔除后上传？ 2. 如果把这一百多条序列以非编码基因上传（不附加CDS特征信息），那么这一百多条序列是否与另外登陆成功的400条有CDS特征信息的序列进行比较并建成一棵系统树？（这一百多条序列与成功的四百条序列在样本来源和操作手法上并没有差异性） 3.编码蛋白的序列中间出现密码子，是否能够代表了测序时的不准确？又或者，有没有可能性是： 这个基因本身多样性较高，从而在一些样本中的一些位点出现了突变？ 4.如果这一百多条“error”序列是代表了测序的偏差或引物二聚体，是否应该干脆把这一百多条序列删除？ 对这个error的处理方法感觉非常难以把握，苦恼多时所以在此诚心求助！ 实验室也没有提交编码序列的先例，恳请各位路过的大侠指导一二，真的不胜感激！ 有提交过functional gene 序列而非16S序列的前辈烦请多多分享经验！先谢过大家！！！！！！！！！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 微生物生态学 |
» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有187人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
2楼2015-08-14 15:52:35
3楼2015-08-14 17:41:48
4楼2015-08-15 00:18:17
Fleaves
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 100 (初中生)
- 金币: 18980.6
- 散金: 526
- 红花: 42
- 帖子: 2644
- 在线: 412.1小时
- 虫号: 1473397
- 注册: 2011-11-02
- 性别: GG
- 专业: 植物病理学
5楼2015-08-16 11:46:05
6楼2015-09-16 14:00:45