应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【跪求指教！】NCBI提交编码蛋白的基因序列出现ERROR（有终止密码子）
51/1返回列表
查看: 2924  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lenalee119

铜虫 (初入文坛)

[求助] 【跪求指教！】NCBI提交编码蛋白的基因序列出现ERROR（有终止密码子） 已有1人参与

各位大侠各位老师！！！
第一次提交基因序列，
序列来源为：环境中的原核生物 （对其的一种 functional gene 序列用特定引物扩增而成，理论应为编码蛋白序列，非16S序列），
结果，
五百多条序列中有一百多条出现error。
系统说是由于 Stop codon '*' is found in the range. 序列中间出现了终止密码子导致无法编码氨基酸序列。

请问：
1. 这种序列中间出现终止密码子的情况是否可以自行分析剔除后上传？
2. 如果把这一百多条序列以非编码基因上传（不附加CDS特征信息），那么这一百多条序列是否与另外登陆成功的400条有CDS特征信息的序列进行比较并建成一棵系统树？（这一百多条序列与成功的四百条序列在样本来源和操作手法上并没有差异性）
3.编码蛋白的序列中间出现密码子，是否能够代表了测序时的不准确？又或者，有没有可能性是： 这个基因本身多样性较高，从而在一些样本中的一些位点出现了突变？
4.如果这一百多条“error”序列是代表了测序的偏差或引物二聚体，是否应该干脆把这一百多条序列删除？

对这个error的处理方法感觉非常难以把握，苦恼多时所以在此诚心求助！
实验室也没有提交编码序列的先例，恳请各位路过的大侠指导一二，真的不胜感激！
有提交过functional gene 序列而非16S序列的前辈烦请多多分享经验！先谢过大家！！！！！！！！！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

微生物生态学

» 猜你喜欢
1楼 2015-08-14 15:49:48
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一种基因，怎么测了五百多条？
赞一下 回复此楼
3楼2015-08-14 17:41:48
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

lenalee119

铜虫 (初入文坛)
自己顶一下，劳烦各位多多指点！
赞一下 回复此楼
2楼2015-08-14 15:52:35
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lenalee119

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2015-08-14 17:41:48
一种基因，怎么测了五百多条？

因为不是纯的菌种，是环境样本。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2015-08-15 00:18:17
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Fleaves

至尊木虫 (著名写手)
动不动就跪求，男儿膝下有黄金不知道么？
赞一下 回复此楼
5楼2015-08-16 11:46:05
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国社科系统bug了，是不是要放榜了？ +5 kynobel 2026-09-16 6/300 2026-09-17 21:37 by tosogo
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 3/150 2026-09-17 16:03 by 0ngsZVSCTS7z
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 3/150 2026-09-17 15:29 by 0ngsZVSCTS7z
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +6 23jxep3nCNZb 2026-09-14 6/300 2026-09-17 13:27 by ObVzqQQh1rrE
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-17 13:15 by ObVzqQQh1rrE
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 4/200 2026-09-17 04:52 by k06BKNblrGRH
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 23jxep3nCNZb 2026-09-14 4/200 2026-09-17 04:04 by k06BKNblrGRH
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-17 02:14 by Tql5LQhh5rLK
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 7/350 2026-09-17 02:14 by Tql5LQhh5rLK
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +6 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 6/300 2026-09-17 01:50 by Tql5LQhh5rLK
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-17 01:26 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 8/400 2026-09-17 01:16 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-16 19:15 by rRvxEj3zorCy
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 8/400 2026-09-16 18:37 by rRvxEj3zorCy
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组｜2027级博士研究生招生公告 +7 水士口 2026-09-16 8/400 2026-09-16 13:47 by kkklens
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +8 两三岁ss 2026-09-14 8/400 2026-09-16 09:46 by 水士口
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:59 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 08:02 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 07:02 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:38 by 5BDX0d0WFp7t
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭